社会に蔓延る凶悪犯罪に脅かされる国、日本。表立った諜報機関が存在しない日本において、国内外を問わず凶悪犯罪集団にとって、仕事のしやすい、ヌルい国と見透かされている。そんな状況を打破すべく、警察庁内に組織された部隊が「K13」だった。「K13」の活動はごく限られて人間たちにしか知られておらず、メンバー達は記録上では、この世に存在しない。「コードネーム：ミラージュ」と呼ばれるトップエージェントを筆頭に、「K13」に所属するメンバーは、凶悪犯罪にあたるだけでなく、政治的・社会的に表立って解決することのできない犯罪をも、秘密裏に処理する使命を背負わされていた。一方で、アメリカの「FBI」のような警察機関の設立を目指し、日本の警察組織の徹底強化を図る「警察権拡大法案」の成立を目論む人間たち。様々な思惑が蠢く日本。やがて「K13」をも巻き込む、巨大な陰謀が明らかになっていく！！

“ジョー”こと矢吹丈は東京下町のドヤ街、泪橋で元プロボクサーの丹下段平とふとしたことで知り合った。ジョーの素質に惚れ込んだ段平は、非行を重ねるジョーをかばい続け少年院に送られてからは、「あしたのためのその1」とボクシングの基本を毎日葉書で送る。段平にとってジョーは自分の果たせなかった夢を託す宝となっていたのだ。