クリスマスイブの夜。サンタの存在など信じないと思い始めた少年だが、ベッドの中でトナカイの鈴の音が聞こえないかと耳をすます。真夜中近く、鈴の代わりに汽車の走る音が聞こえてくる。驚いた少年が窓を見ると、家の前に大きな蒸気機関車が走り込んでくる。玄関を飛び出した少年に、車掌はそれが北極行きの急行“ポーラー・エクスプレス”だと告げ、乗らないかと誘う。戸惑う少年だが、やがて動き始めた列車につい飛び乗る。

2度にも渡る世界の危機を救ったスパイキッズの2人、カルメンとジュニのコルテス姉弟。だが現在、ジュニは秘密諜報員組織OSSに対する不信感から組織を脱退し、独立して探偵を始めていた。そんな中、巷ではバーチャル・ゲーム“ゲームオーバー”が発売され話題に。だが、悪の天才プログラマー、トイメイカーがそのゲームで世界の子供たちを洗脳し、世界支配を企んでいることを察知したOSSは、その陰謀を阻止するため、カルメンを“ゲームオーバー”の世界に送り込む。しかし、彼女も囚われの身となってしまうのだった。

オーストラリア、グレートバリアリーフ。広大な海の中でカクレクマノミの400個の卵が孵化しようとしていた。しかし、無事に生まれたのは母親の命と引き換えに助かったたった1つだけ。父マーリンは、この子を“ニモ”と名付け、同じ悲劇を繰り返さないと誓い過保護なまでに大事に育てていく。そして6歳になったニモに、初めて学校へ行く日がやって来る。しかし、突然の悲劇がニモを襲う。彼は、人間のダイバーにさらわれてしまったのだ。打ちひしがれるマーリンだったが、陽気なナンヨウハギ、ドリーの助けを借りてニモを取り戻す旅へと出るのだった。

巨大隕石の衝突で地表が果てしない荒野と化した白亜紀の地球。イグアノドンのアラダー、キツネザルのプリオら生き残った恐竜や動物たちは、どこか生存に適した場所を求めて旅を続け、同じように移動していた草食恐竜の群れと出会う。その群れは、どこかにあるという伝説の楽園“生命の大地”を目指していた。一団に合流したアラダーたちだが、やがて彼らは、弱者を容赦なく切り捨てるリーダーのクローンのやり方に反発を覚える。