特殊能力を持つ、漫画家・岸辺露伴は、青年時代に淡い思いを抱いた女性からこの世で「最も黒い絵」の噂を聞く。それは最も黒く、そしてこの世で最も邪悪な絵だった。時は経ち、新作執筆の過程で、その絵がルーヴル美術館に所蔵されていることを知った露伴は取材とかつての微かな慕情のためにフランスを訪れる。しかし、不思議なことに美術館職員すら「黒い絵」の存在を知らず、データベースでヒットした保管場所は、今はもう使われていないはずの地下倉庫「Z-13倉庫」だった。そこで露伴は「黒い絵」が引き起こす恐ろしい出来事に対峙することとなる…

1926年のアメリカでは人間界・魔法界との関係の悪化、さらに闇の魔法使いグリンデンバルドの脅威にさらされていました。そんな中やってきたのが魔法動物学者のニュートです。彼の革のトランクには保護したたくさんの魔法動物が詰め込まれていましたが、そのうちの一匹が逃亡。その過程でノー・マジ（非魔法使い）であるジェイコブのトランクと取り違えてた末に街に放たれてしまいます。一部始終を見かけた元闇払い（闇の魔法使いに対抗する魔法使い）のティナと妹のクイニー、さらにジェイコブも巻き込み魔法動物を探しに行くことに。