スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。

航空保安官のビル・マークスは、過去のとある出来事が原因で酒に溺れ、その心は荒みきっていた。一般客を装いニューヨーク発ロンドン行きの便に乗り込んだマークスは、普段と変わらない様子で任務を開始した。ところが、飛行機が大西洋上空に到達した頃、マークスの携帯電話に差出人不明のメールが入る。そのメールには「指定の口座に1億5000万ドル送金しなければ、20分ごとに機内の誰かを殺害する。」という恐ろしい内容が記されていた。ただのイタズラとは思えない内容に危惧の念を抱いたマークスは、独自に捜査を開始するが、彼をあざ笑うかのように次々と犠牲者が出てしまう。しかも、指定された口座の名義人は他ならないマークス自身であり、それが公になったことで味方であるはずの国土安全保障省や乗務員、乗客からも彼自身が犯人なのではないかという疑いをかけられてしまう。敵だらけの状況下で、マークスは姿の見えない凶悪犯と戦うことを決意する。

最強の暗殺者を生み出すCIAの極秘プログラム、トレッドストーン計画とブラックブライアー計画。その最高傑作として生み出されたジェイソン・ボーンが、失った記憶を追い求めながら、自身の人生を大きく狂わせた同計画を白日のもとにさらそうと、CIAとの戦いに挑んでいた。その裏で、ボーンと匹敵する能力を秘めた暗殺者アーロン・クロスを巻き込むようにして、さらなる戦いと陰謀が動き出していく。そして、CIA上層部ですら認知していない2つの計画を上回るプログラムの存在があった。