かつて仮面ライダーたちと戦ったショッカーが、魔法の力を得た宇宙規模の組織「スペースショッカー」として復活した。スペースショッカーは全宇宙を征服するため、まずは地球に狙いを定める。 一方、地球では操真晴人 / 仮面ライダーウィザードが白銀のコンバットスーツ戦士・十文字撃 / 宇宙刑事ギャバンtype-Gから攻撃を受けていた。戦闘の中でギャバンはウィザードに対する誤解を一応解くが、銀河連邦警察の命令に背いたため、銀河連邦警察隊長の一条寺烈 / 初代宇宙刑事ギャバンから宇宙刑事の資格を剥奪されてしまう。一方、晴人はスペースショッカーと戦うが、スペースショッカーの作った魔法陣に吸い込まれ、スタジアムに吹っ飛ばされてしまう。晴人は突如現れた獣電戦隊キョウリュウジャーのメンバーと出会うが、桐生ダイゴ / キョウリュウレッドは、晴人を敵か味方か確認するため、晴人に勝負を挑む。剣と剣でぶつかり合う晴人とダイゴだったが、乱入した伊狩鎧 / ゴーカイシルバーと出会う。鎧と共に晴人は撃から衝撃の事実を教えられる。どうやら宇宙各地では魔法の力が同時多発的に暴走しており、地球はもちろん宇宙全体も破滅の危機にあると言うのだ。終末のカウントダウンが刻一刻と迫りつつある中、晴人と撃達は事件の解決にあたることとなった。

ゴーバスターズの宿敵・ヴァグラスのエンターが新たなメタロイド・スチームロイドを誕生させた。「錆びる」メタウイルスをインストールされたスチームロイドが発する蒸気はバディロイドのメタルボディをも錆びさせてしまい、バスターマシンが出撃不能に陥ってしまう。 エンターはゴーバスターズのピンチをチャンスと捉え、“東京エネタワー”と呼ばれる場所に大量のエネトロンを集積させ一気に亜空間へ転送させようと企む。これが実現すればヴァグラスの現実世界侵攻は一気に進むどころか、周囲の人々が転送の犠牲になってしまう。しかしマシンが動かない状態のゴーバスターズは対抗手段もおぼつかない。そんな中、出動できるマシンが一機だけ残されていた。果たしてゴーバスターズは究極の“特命”を完遂できるのか?

地球の平和、そして人々の自由と笑顔を守るために日夜戦い続けるスーパーヒーロー、それが仮面ライダーとスーパー戦隊である。 西暦2012年4月、そんな彼らに突如として大事件が襲い掛かる。門矢士 / 仮面ライダーディケイドが歴代ライダーの悪を束ねた大ショッカーの大首領としてゴレンジャーを始めとした全てのスーパー戦隊たちを倒し始め、また時を同じくしてキャプテン・マーベラス / ゴーカイレッドもまた、歴代戦隊の悪が結集した大ザンギャックの大帝王を名乗り1号を始めとした全ての仮面ライダーたちに攻撃を仕掛けたのだ。

ある日突然地球に現れた黒色のゴーカイガレオン。時同じくして、エネトロン防衛のために出動した特命戦隊ゴーバスターズの前に立ちはだかったのは、かつて宇宙帝国ザンギャックから地球を守り抜いた海賊戦隊ゴーカイジャーだった。 だが彼等は、敵であるはずのザンギャックの新司令官バッカス・ギルらと手を組みゴーバスターズと敵対。全て揃うことで宇宙で最も強大な力が手に入ると伝わる、5つの幻のレンジャーキーを巡る争奪戦が展開される中、そのレンジャーキーの力によって生じた時空の歪みに巻き込まれ、ゴーバスターズとゴーカイジャーは様々な時代へと散り散りになってしまう。 元の時代へ戻るべく、そして幻のレンジャーキーを回収すべく彼等が奔走する一方、ザンギャックはヴァグラスとも手を組み総攻撃の準備を着々と進めていく。果たしてザンギャックと組んだゴーカイジャーの真意はどこにあるのか?そして幻のレンジャーキーの持つ力とは如何なるものなのか?

映画「仮面ライダー×スーパー戦隊 スーパーヒーロー大戦」公開にあわせて配信されたのネットムービーがDVDで登場! フォーゼ、レッドバスターが探偵に!?密室で起きたヒーロー殺人事件。容疑者はヒーロー?!真実に辿り着いた時、驚くべき真相が明らかになる!短編、全10話。