舞台は現代のイギリス。謎の男キャプテン･ジャックが率いる特殊調査チーム「トーチウッド」は、政府機関、警察、国連を超越する組織。独自のルールのもと、エイリアンのテクノロジーを利用しながら、これまで地球上に起こったこともないような犯罪や事件を調査･解決、地球にせまる宇宙からの脅威に立ち向かう。

ドクターは元々ガリフレイ（Gallifrey）という惑星に棲むタイムロード（Time Lord）という種族だった。タイムロードは外見は人間と同じだが、心臓を2個持ち、体が重度の損害を受けた場合は少なくとも12回まで別の体に再生（Regeneration）できる能力を持つ非常に長命な種である。また彼らはターディス（TARDIS：Time And Relative Dimension In Space の略）というタイムマシンにより、宇宙のあらゆる場所、時代に行けるほど高度な文明力を持つ。ただし、自分たちの高い技術を他種族に知られることを恐れて基本的には宇宙で起こる事件に関しては不干渉主義を貫いていた。ドクターはそうした官僚主義的な状態に反発して、修理中のターディスを盗み出して出奔し、数々の冒険を重ねていくことになった。