12惑星連合は、1,000年もの間、機械生命体「サイロン」との戦争を続けていた。しかし、遂にサイロンとの和平交渉会談実現の運びとなり、各植民星の代表は、宇宙空母の艦隊旗艦「アトランティア」に集結する。だが、それはサイロンの罠だった。サイロンは総攻撃を開始、「アトランティア」は撃沈され、アダマ司令官率いる宇宙空母「ギャラクティカ」の母星・カプリカはじめ、各植民星は絶滅の危機に瀕する。唯一生き残った宇宙空母「ギャラクティカ」は、民間の残存宇宙船と共に220隻の艦隊を組み、生存者を乗せ植民星の宙域から船出する。目的地は、自分たちと祖先を同じくする人々が住む13番目の星、伝説の惑星「地球」……。