Xファイル課の閉鎖後、現場任務にまわされたFBI捜査官のモルダーとスカリーは、ビル爆破事件の責任を問われ、左遷の危機にさらされる。スカリーが辞職の決意を固めたと知って、やけ酒をあおるモルダー。そんな彼に、父の友人と名乗る医師が接近。爆破されたビルに、謎の死を遂げた少年と救助隊員の死体があったことを告げる。これをきっかけに事件の調査を始めたモルダーは、おそるべきエイリアン・ウィルスと、その背後にある秘密機関の正体に近づいていく。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

マペットの少年ウォルターは、地方で人間の兄ゲイリーと暮らしている。大人になったゲイリーは恋人メアリーと旅行でLAに行くことになり、同行することになったウォルターは大ファンであるTV番組「マペット・ショー」のスタジオを見られると大興奮。しかしスタジオはもう使われていなくて荒れ果て、石油王の陰謀で解体の危機に直面していた。ウォルターたちはスタジオを守ろうと、引退したマペットのカーミットを訪ねる。