山中でキャンプを満喫していた動物戦隊ジュウオウジャーの前に5人の色とりどりの忍者が現れた。その忍者は、かつて牙鬼軍団と戦った手裏剣戦隊ニンニンジャーの初期メンバーだった。ニンニンジャーは、ジュウオウジャーを妖怪呼ばわりし、攻撃を仕掛ける。ジュウオウジャーも変身し、応戦する。 激突する風切大和 / ジュウオウイーグルと伊賀崎天晴 / アカニンジャーの前に天晴の息子を名乗る一人の少年、伊賀崎快晴と出会う。 ニンニンジャーは、ルンルンという異生物に寄り添っており、ルンルンに「正義のフリをして、自分の一族を殺したジュウオウジャーを倒して欲しい」と頼まれていた。天晴以外のニンニンジャーは、ジュウオウジャーを倒すために門藤操/ジュウオウザワールドを捕まえ、囮にしようとする。同じ頃、ニンニンジャーに苛立ちを募らすジューマンのみのジュウオウジャーは、偶然出会ったキンジ・タキガワ/スターニンジャーを捕まえる。

物語は、大空を覆いつくさんばかりの超巨大浮遊要塞が突然飛来し、総攻撃を開始、世界の大都市が壊滅状態に陥るところからスタートする。仮面ライダーエグゼイド、宇宙戦隊キュウレンジャーが迎え撃つも、圧倒的な大きさと数を有する謎の敵にまったく歯が立たない。だが、その窮地を救うヒーローたちが現れる。死んだはずの九条貴利矢と、見たこともないヒーローの勇姿…。敵はどこから、一体何のために来たのか？命を落としたはずの者たちが、なぜ現れたのか？そして、勝利の行方は…？この途方もない強敵に打ち勝つ鍵は、ヒーローたちが新たな力を手にすること。異空間でレベルアップを繰り返し、「最強」を超えた「最強」のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起きる！！

五十嵐一輝、大二、さくらの三兄妹は五十嵐元太と五十嵐幸実に幸実の誕生日祝いとして温泉旅行をプレゼントするが、その旅客機がアヅマ率いる一団によってハイジャックされる。五十嵐三兄妹は両親と乗客を救うために、旅客機が着陸した、かつて科学研究施設ノアが非人道的な実験を行った施設があり、現在は閉鎖された禁断の場所である「エリア666（トリプルシックス）」に向かう。