1994年10月、モンゴメリー大学映画学科に所属する3人の大学生がドキュメンタリー映画製作のためにメリーランド州ブラック・ヒルズの森に分け入った。その土地に今なお残る伝説の魔女“ブレア・ウィッチ”をテーマにしていたのだ。だが3人はそのまま消息を絶つ。手掛かりが発見されないままやがて捜索は打ち切られた。しかし事件から1年後、彼らが撮影したものと思われるフィルムとビデオが森の中で発見される……。

製作費6万ドルという低予算作品ながら、世界中で記録的な大ヒットとなったホラー映画「ブレア・ウィッチ・プロジェクト」の17年ぶりとなる続編。大学生のヘザー、ジョシュ、マイクが、森に生息するという伝説の魔女「ブレア・ウィッチ」をテーマにしたドキュメンタリー映画製作のため、ブラック・ヒルズの森に分け入った。しかし3人はそのまま消息を絶ち、森に消えた。あの事件から20年後、ヘザーの弟ジェームズが姉らしき人物の映った映像をYouTube見つける。そして、ジェームズは仲間とともに、森の中へ足を踏み入れる。監督は「サプライズ」「ザ・ゲスト」などのホラー作品を手がけ、ハリウッド版「デスノート」の監督も務めるアダム・ウィンガード。

映画のヒットによってバーキッツヴィルはもはや観光スポットに変わっていた。ブレアの魔女を探しに全米各地ばかりか世界中から観光客が押し寄せていた。そんなブームに便乗した“ブレア・ウィッチ・ハント”ツアーの第1回目に参加したのは4人の若い男女。さっそくラスティン・バーの家の近くの廃城でキャンプを張った彼らだったが…。