『サンタ・サングレ』は、サーカス団長のオルゴとその妻でブランコの名手コンチャと、息子フェニックスの、奇妙な物語である。彼らは、メキシコ・シティーの繁華街にあるグリンゴ・サーカスで働いていた。オルゴは女たらしで、サディスティックでセクシャルな関係を浴していた。現在の相手は“刺青の女”だ。コンチャは、狂信的にある偶像を崇拝していた。それは2人の男にレイプされ両腕を切り落とされサンタ・サングレ（聖なる血）を流した乙女の像である。 フェニックスは繊細で感受性豊かな少年。孤独がちな彼には、刺青の女が連れてくる養女で6歳の少女アルマと、淡くかよいあう感受性の交流があった。しかしアルマは、哀れにも生まれながらの聾唖者だった。 ある夜、オルゴの浮気の現場を掴まえたコンチャが彼の下腹部に硫酸をかける。激怒したオルゴは彼女の腕を切り落とし自らも喉を切って自殺する。この一部始終を目撃したフェニックスは、ショックのあまり精神を病み、施設に収容される。 やがて成長し施設を出たフェニックスは、母親と奇妙な一心胴体芸を生み出す。何かに取り憑かれたようなコンチャの心と、フェニックスの腕が一体となって生まれるフリークス・ショー。コンチャの意志のままに、フェニックスは狂気の母親に代わって、身の毛もよだつような殺人を犯していく。

とある砂漠ではりつけにされ、裸の子どもたちに石を投げつけられているキリストに似た風ぼうの盗賊（ホラシオ・サリナス）。自力で十字架から降り立った彼は、居合わせた男と共に町へ向かう。町ではキリスト像を売る太った男たちに捕らえられ、鏡の部屋に閉じ込められてしまう盗賊だったが、何とか部屋から脱出し……。