ある日、怪奇現象追跡サイトSSPメンバーのもとに謎のデバイスが届けられる。それはウルトラマンエックスが宿る変身アイテム・エクスデバイザーだった。敵の罠によってXio隊員 大空大地（高橋健介）とのユナイトが解除されたウルトラマンエックスは、SSPと、放浪の旅から帰ってきたクレナイ ガイ（石黒英雄）に、行方不明となった大地を探すよう依頼する。だがそれは、地球に訪れた新たな危機の前兆に過ぎなかった。 宇宙で最も邪悪な心を持つ者のもとを巡り、持ち主の能力を増幅させるというダークリング。それを手に入れたのは、美を愛し、美しいものを宝石にしてコレクションする邪悪な宇宙魔女賊 ムルナウ（椿鬼奴）だった。ムルナウは、すでにギンガとビクトリーを宝石に変え、新たなターゲットとして地球を宝石化しコレクションに加えようとする。その裏では何事かを企むジャグラス ジャグラー（青柳尊哉）が暗躍していた。ムルナウの率いる極悪宇宙人軍団の前に、ついにエックスさえも宝石にされてしまう！ 果たしてウルトラマンオーブは、新世代ニュージェネレーションヒーローズを救い出し、ムルナウを倒すことができるのか―― 仲間を信じる熱い心が、新たなる“絆の力”を呼び起こす！ 地球の未来をかけた史上最大の決戦がついに始まる！

和歌山県南部で、クジラの仲間だけを飼育・展示する太地町立くじらの博物館。来客減で次々に飼育員が辞めていく中、館長は純粋にクジラを愛する太一を飼育員リーダーに任命する。そんなある日、東京の水族館から飼育員の唯がピンチヒッターとしてやって来る。当初は太一に反感を抱く彼女だったが、彼の純粋さを知るにつれ打ち解けていく。やがて太一は博物館を盛り上げ来客を増やそうと、“くじらまつり”の開催を思い付く。