無数のアンノウンが研究施設を攻撃。人々が殺戮されていくなか、超能力を発揮して逃亡する2人の少年少女、レイと沙綾香。その頃、G3ユニットに新しいメンバー・深海理沙が加入することが通告された。果たしてその目的は一体何なのか。激増するアンノウンを前に、突如、封印されていたはずのG-4システムが出現してアンノウンを撃破し始める。しかし、その結果、大いなる危機が…。翔一、誠、涼、真魚たちが出逢った2人の少年少女。アギト・G3-X・ギルスそして新登場のG4。複雑に絡み合うそれぞれの運命の結末は!?