無数のアンノウンが研究施設を攻撃。人々が殺戮されていくなか、超能力を発揮して逃亡する2人の少年少女、レイと沙綾香。その頃、G3ユニットに新しいメンバー・深海理沙が加入することが通告された。果たしてその目的は一体何なのか。激増するアンノウンを前に、突如、封印されていたはずのG-4システムが出現してアンノウンを撃破し始める。しかし、その結果、大いなる危機が…。翔一、誠、涼、真魚たちが出逢った2人の少年少女。アギト・G3-X・ギルスそして新登場のG4。複雑に絡み合うそれぞれの運命の結末は!?

2002年冬、自らの願いを叶えるために戦っていた13人の仮面ライダーたちは、城戸真司 / 龍騎、秋山蓮 / ナイト、北岡秀一 / ゾルダ、浅倉威 / 王蛇、霧島美穂 / ファム、そして「現れていないライダー」の6人となっていた。 ある日、ライダーの戦いを仕掛けた男・神崎士郎は生き残ったライダーたちに「ライダーの戦いをあと3日のうちに決着をつけなければ、願いを叶えることは出来ない」と告げる。戦いを止めようとする真司の声も虚しく、ライダーたちは勝者を巡って戦いを繰り広げる。そんな中、龍騎と瓜二つの姿をしたライダー・リュウガが最後の参戦者として暗躍し始める。リュウガの出現により、ライダーたちは、次々と倒されてしまう。激戦の末、ファムは実の姉を殺した王蛇を倒し、戦いが虚しくなったゾルダは脱落する。姉の仇を討った美穂は、真司との交流を深めていくが、もう一人の真司が変身したリュウガによって倒されてしまう。 仮面ライダー同士の戦いは、ここに決着を迎えようとしていた。