時は1996年。海外で流浪の旅を続けていた南雲慶一郎は、母校・大門高校の恩師である藤堂からの依頼で教師として日本に帰ることになった。日本に帰国直後、ソルバニアの巫女・レイハに呼ばれて封魔獣を倒し、再び元の世界に戻った直後の現場を偶然通りすがった御剣涼子に見られて一悶着を起こす。 かつて世話になった鬼塚家で再び居候をすることになった慶一郎は大門高校の2年B組の担任に就任。そのクラスには涼子の他にも、学校一の問題児であり、藤堂が認める格闘センスを持つ男・草彅静馬がいた。

世界最強といわれる特殊部隊｢ミスリル｣に所属する戦士、相良宗介。彼は、日本の高校に通う美少女｢千鳥かなめ｣を守るため、彼女の高校に転校生としてやって来る。そこで、巻き起こる一人戦争状態。一方で｢かなめ｣をめぐって暗躍する組織。学園ラブコメ、軍事サスペンスの両方を持ち合わせたSF冒険活劇ここに、参上!