ある日、厳重に警備されているはずのスロバキアの研究施設から、強力な殺傷力を誇る生物兵器の入ったケースが盗まれた。犯人は国際的に名高い女泥棒ガリーナ。その頃、NATO工作員のジャックは家族でヨーロッパを旅行中だったが、上司からガリーナとそのケースをドイツまで護送せよとの命令を受け、彼女のもとへと向かった。そして、2人は唯一の脱出ルートである特急列車に潜り込み何とか国境越えに成功する。だが任務が無事完了したと思ったのも束の間、今度は彼女が盗んだ生物兵器を狙って凶悪なテロリスト集団が同じ列車に乗り込んでくるのだった。

マルコ・ラミウス艦長が指揮する、ソ連の誇る最新原子力潜水艦レッド・オクトーバーが、アメリカ東海岸に接近した。アメリカ政府は、ラミウスの狙いはアメリカ攻撃だと判断する。だがCIA分析官だけは別の見解を示す。ラミウスは亡命しようとしていると言うのだ。だが自説を証明するためには、あと数時間の余裕しかない。なぜならソ連の海軍と空軍が総力をあげてレッド・オクトーバーを追っているから。かくして大西洋は海戦の場と化した…。