大富豪の家庭に育ったブルース・ウェインは少年時代、井戸で遭遇したコウモリの大群に圧倒的な衝撃を受け、またさらには彼の両親が目の前で殺されて大きなショックを抱え込む。やがて父の遺した企業を受け継いだブルースだったが、強いトラウマと親の仇への復讐心は消えず、犯罪者の心理を知るため自ら罪人となる。そんな彼はある日、デュガードという男と運命的な出会いを果たし、不正と闘うことを決意。そして彼の薦めにより、ヒマラヤの奥地に潜む“影の同盟”なる自警団のもとで心身を鍛え、心の闇を解放する。こうして彼は、ゴッサム・シティへと舞い戻って来る。街は悪の組織と暴力がはびこり、腐敗が進んでいた。自らの使命に確信を持ったブルースは、全身黒いコスチュームを身に纏ったバットマンとなり、巨悪と対峙する道を選ぶのだった。

現代のロンドン。12歳の少年クインは、母が働く地下鉄工事現場に立ち寄った時、そこで永い眠りから覚めた巨大竜“サラマンダー”の姿を目撃する。その後、驚異的な早さで世界中に繁殖したサラマンダーは、人間を喰らい、炎を吐いて何もかも焼き尽くし、人類を滅亡の危機に陥れる。わずかに生き残った人々は都市を捨て荒野に要塞を築き身を潜めて暮らすしかなかった。あれから20年、要塞で仲間と共に飢えと恐怖に苦しむ日々を過ごしていたクインのもとに、ヴァンザン率いるアメリカの義勇軍が現われ、一緒にサラマンダーと対決するよう迫るのだが…。