舞台はアメリカ合衆国オレゴン州アストリア市、海賊の伝説が残る田舎町グーンドック。主人公、マイキーの家は銀行に借金を抱えており、付近を買収しゴルフ場にしようとしていた銀行に迫られ、明日には立ち退きの書類にサインをしなければならなかった。 マイキー率いるグーニーズの4人は、マイキー宅の屋根裏部屋で偶然、伝説の大海賊「片目のウィリー」の遺した宝の在処を記した地図を発見。地図を元に岬の燈台レストランの地下に行くと、そこには大洞窟が広がっていた。 グーニーズにマイキーの兄・ブランドとその恋人アンディ、その友人ステファニーを加えた7人は、宝を狙うギャング団・フラッテリー一家の追跡を受けながらも、買収を阻止するため、ウィリーの宝を求めて大冒険を繰り広げる。

1918年、ニューヨーク。アルフォンス・カポーニは強盗の現場を目撃。警察に通報し、逮捕に来た警察にわざとつかまりギャングのボス、フランキー・エールの注意を惹いた。エールの部下になった彼は名前をアメリカ風にアル・カポーンと変えた...。