1799年、小村スリーピー・ホロウで首を切り落とされた殺人事件が続発する。最新の科学捜査を信奉するイカボッド巡査は村の有力者バルタスらに、犯人はかつてこの地で斬首された騎士の亡霊だという話を聞くが信用しない。だが、首なし騎士の亡霊はやがてイカボッドの前に姿を現わし、村人たちを次々と殺害していく。イカボッドはおじけづくが、バルタスの美しい娘カトリーナの協力を得て、騎士のすみかがある森へと入っていく。

アリス・キングスレー、１９歳。美しく成長した彼女は、ある日、求婚者から逃げ出し、誤ってうさぎ穴に落ちてしまう。その地下世界は、かつて少女アリスが迷い込んだワンダーランド。だが、ワンダーランドでの記憶を失っている彼女には、この世界の奇妙な生き物たちがなぜ自分を知ってて、その期間を喜ぶのか理解できなかった。だが、彼女との再会を帽子屋（マッドハッター）ほど待ち望んでいた者はいなかった。赤の女王の独裁下で、狂気を装い生き延びてきた帽子屋の唯一の希望・・・それは、いつの日か、救世主アリスが再び現れることだったのだ。自分の手にワンダーランドの運命が握られていることを、アリスをまだ知らなかった・・・。