2030年、水資源が枯渇したため世界は食糧難に陥っていた。アメリカ政府は国境を閉ざし国民を管理する人民省を設立し、ヒューマン・ハンターを使って、排除対象にした者たちを収容地区ニュー・エデンに強制移住させていた。ヒューマン・ハンターのノアは、レイチェルという女性と息子のルーカスの拘束を命じられるが、その指令に納得できず彼らを守ることにする。

過去との決別のために新天地に来たグレタ は、老夫婦と暮らす8歳の男の子のベビーシッターのアルバイトとしての仕事に就いた。しかしその少年は人間サイズの人形だった…。冗談かと思い笑うグレタを前に、老夫婦はその人形を「ブラームス」と呼び人間として溺愛しグレタを驚愕させる。さらにその人形を世話するときの「必ず守らなくてはいけない」10のルールを知らされグレタは衝撃を受ける。やがて老夫婦が旅行に出かけ不在になった屋敷でグレタがルールを無視し始めた時から人形に奇妙な現象がおき始める。それは想像を絶する惨劇の始まりだった。一体人形に何が起こりはじめたのか?

かつてFBIの人質救出部隊のリーダーとして活躍していたウィルは、ある事件で左脚が義足になる大怪我を負い辞職する。それから10年を経た現在、愛する家族も得て危機管理コンサルタントとして働いていた。香港に建設された高さ3500フィート（約1067m）の史上最大のビル「ザ・パール」の本格開業に向け、ビルのオーナーのジャオから安全管理のチェックを任されたウィルは、家族を伴ってザ・パールに滞在することになるが、ビルに隠されたある秘密を狙う犯罪組織もまた侵入していたのだった。

何もかもが変わりつつある世界を元に戻すため、ストレンジはかつてアベンジャーズを脅かすほど強大な力を見せたスカーレット・ウィッチことワンダに助けを求める。 しかし、もはや彼らの力だけではどうすることもできない恐るべき脅威が人類、そして全宇宙に迫っていた。 さらに驚くべきことに、その宇宙最大の脅威はドクター・ストレンジと全く同じ姿をしていて…。