曹操の元へ男装して潜入していた孫権の妹・尚香は、疫病で亡くなった兵士たちの死体が船に積まれ、連合軍のいる対岸へ流されていく光景を目撃する。死体に触れた連合軍の兵士から次々と疫病が感染し、曹操の非情なやり方に周瑜をはじめ、連合軍は憤りを感じ、劉備軍は自軍の兵と民のために撤退を決意するが、孔明はただひとり戦地に残るのだった。

三国時代の中国。漢の丞相の曹操（のちの魏の礎を築いた）は、北部を平定した後、南部も制圧するために兵を進める。その目的は、天下統一に邪魔な劉備・孫権の抹殺だけでなく、今は周瑜の妻となった天下一の美人小喬の奪取にもあった。荊州にいた劉備軍は南下して軍を立て直そうとするが、途中の当陽県長坂にて追いつかれ、敗走する。 夏口へ逃げた劉備は、部下の諸葛亮（孔明）の提案に従い、孔明を孫権（のちに呉を建国）のもとへ派遣する。孔明は孫権の総司令である周瑜と意気投合し、2つの勢力は共に曹操と戦う同盟を結ぶ。孫権は数万の軍勢を派遣し、劉備軍とともに長江の赤壁付近で曹操軍と相対し、両者互いに決戦のために水軍と陸軍を動かすのだった。