『マトリックス』の製作陣と日本人を中心とした世界のトップ・クリエイター達が贈るもう一つの『マトリックス』。CGとアニメーションを駆使し、斬新なビジュアルで表現した『マトリックス』を繋ぐ9つのオムニバス・エピソード、それが『アニマトリックス』だ。映画『マトリックス』の世界がいかにして始まったのか、人類最後の繁栄と機械との戦争により人間文明の崩落の軌跡を描く。また、『ファイナル・フライト・オブ・ザ・オシリス』は、『マトリックス』を『マトリックス　リローデッド』へと繋げる物語となっており、映画の世界と直結している。まさに『マトリックス』は完全体となるべく、『アニマトリックス』は誕生した！

人間世界とよく似た、動物だけが暮らす世界。コアラのバスターが劇場支配人を務める劇場は、かつての栄光は過去のものとなり、取り壊し寸前の状況にあった。バスターは劇場の再起を賭け、世界最高の歌のオーディションの開催を企画する。極度のアガリ症のゾウ、ギャングの世界から足を洗い歌手を夢見るゴリラ、我が道を貫くパンクロックなハリネズミなどなど、個性的なメンバーが人生を変えるチャンスをつかむため、5つの候補枠をめぐってオーディションに参加する。

対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、武器密売組織の拠点に突入し探索中に国際指名手配犯グレン・アリアスと対峙するが逃してしまう。一方、元ラクーン市警の特殊部隊「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、大学で死者が甦り、凶暴化する事件の調査、研究する中、新型ウィルスの関与を突き止め、治療薬開発に成功するが直後、研究所が何者かに襲撃される。クリスは協力を求めて新型ウィルス事件に詳しい大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディのもとへ向かい、再会した二人は、アリアスのバイオテロ阻止のためニューヨークへと向かう。

ハリウッド最高峰のスタッフが坂口博信監督のもとに集結して完成させた、史上空前のフルCG作品。 西暦2065年の地球。かつて隕石とともに現れた謎の侵略者ファントムの襲来を受け、人類に未曾有の危機が訪れていた。どんな物質も透過して進み、あらゆる武器が効かず、触れただけで命を奪う無敵の存在達に、残った人類はバリアシティに暮らしながら、生命力を兵器に転用し、わずかな抵抗を続けていた。 そんな中、老科学者のシドと女性科学者アキはファントムを無力化させる融和波動を発見、これをもつ8つの生命体を探して人類を救おうとしていた。一方で政府は最終兵器を用い、ファントムの本拠、隕石を叩いて一気に戦争を終結させ地球を守ろうと計画を進めていた。やがて知る驚くべきファントムの正体と生命波動の関係。果たして地球の運命は……。

洞窟で暮らすへそ曲がりのグリンチは、山の麓で生活する村人たちに意地悪することを生きがいにしていた。愛犬マックスの純粋な愛情にも背を向ける彼は常に機嫌が悪く、孤独な日々を送っている。ある日、グリンチは村中の人々が大好きな“クリスマス”を盗もうと計画する。

戦死した後、記憶や人間性を剥奪され戦闘マシーンとして蘇生した“ユニバーサル・ソルジャー”。その秘密を暴くべく潜入したTVレポーターと、記憶を取り戻した兵士の逃走劇。SFアクション。

ハワイ・カウアイ島。両親を亡くした少女リロは、姉のナニと暮らすが、福祉局から養育環境を問題視され、施設へ送られようとしていた。そんなリロは奇妙な子犬をペットとして引き取り、スティッチと名づける。実はスティッチは宇宙人ジャンバ博士がひそかに作り上げたモンスターで、脱走して地球に逃げ込んで来たのだ。スティッチの捕獲のため、逮捕されたジャンバ博士とお目付け役の諜報員プリークリーが地球へと派遣されてくる。