1950年。第二次世界大戦の終結による満州国の崩壊と国共内戦の終結により、共産主義国である中華人民共和国の一都市となったハルビン駅の構内。5年間にわたるソビエト連邦での抑留を解かれ、中華人民共和国に送還された「戦犯」達がごった返す中で、列から外れた1人の男が洗面所で自殺を試みる。男は監視人の手により一命を取り留めるものの、薄れ行く意識の中で幼い日々の頃を思い出していた。この男こそ清朝最後の皇帝にして満州国の皇帝、「ラスト・エンペラー」と呼ばれた愛新覚羅溥儀その人であった。

FBI捜査官のジョン・クロフォードとトム・ローンは、サンフランシスコの埠頭でマフィアの抗争事件を捜査中に伝説の殺し屋ローグと遭遇する。二人はローグを追い詰めるが、あと一歩のところで取り逃がしてしまう。数日後、一人の男がトムの家を訪れトムとその家族を惨殺し家もろとも焼き尽くしてしまう。ジョンは現場に落ちていたチタニウム製の薬莢から犯人はローグだと直感しローグへの復讐を誓う。

のんきにバケーションを楽しもうと香港に乗り込んだリーとカーター。そんな矢先、アメリカ大使館で爆破事件が起きる。香港マフィアの仕業と睨んだ香港警察はリー警部に極秘捜査を命じる。結果、一緒にいたカーターも事件に首をつっこむハメになり、楽しみにしていたバカンスは泡と消えてしまう。

ポール・ラシーンは、日本でのビジネスで名古屋に来ていた。仕事が終わったのちに市内の飲食店でキリナという女性に出会い、2人で市内のビジネスホテルに泊まることに。その後すぐポールはホテルを出るが、ポールがエレベーターに乗った直後、間違えてキリナの部屋の鍵を持ってきてしまったことに気づく。 そこでキリナの部屋に戻り、こっそり鍵を返そうとドアを開けると、なんと部屋の中には忍者が数人いて、刀をキリナに向けている。ポールはすぐにフロントへ電話をかけ、キリナを助けようとするが、刀を持っていた忍者に妨害をされ、病院送りとなってしまう。 その後ポールは、度々忍者達に命を狙われることに...。