舞台は1936年。プリンストン大学で教鞭を執る高名な考古学者インディアナ・ジョーンズ教授（インディ）には、世界中の宝物を探し発見するというトレジャーハンターとしての顔があった。ある日、陸軍諜報部よりインディの下にナチス・ドイツがタニスの遺跡を発見して聖櫃（アーク）の発掘に着手したという情報が舞い込む。また情報部が傍受したドイツ軍の電報によれば、聖櫃の在り処を示す重大な手がかりラーの杖飾りはインディの恩師であるアブナー・レイヴンウッド教授の手にあるという。何としてでもナチスより先に聖櫃を手に入れろとの依頼を受け、インディは聖櫃の争奪戦に臨む。

イングランド東部ノーフォーク州。上流階級の友人マーカスの広大な屋敷でひと夏を過ごすことになったレオ(ドミニク・ガード)。もうすぐ13才になる彼は屋敷に住む年上の美しいひとり娘マリアン(ジュリー・クリスティー)に淡い恋心を抱く。 ある日友だちと川へ水浴びに行ったとき、小作人のテッド(アラン・ベイツ)の姿を見た。だが、彼は屋敷の人間に気づくと慌てて姿を消した。帰り道、レオはマリアンにテッドのことを尋ねると「前に会ったかもしれない」と返答した。ある日戦争で頬に深い傷を負ったトリミンガム子爵(エドワード・フォックス)が屋敷を訪れた。 実はマリアンはこのトリミンガムと婚約を交わしていたが、まだレオはそのことを知らなかった。マーカスがはしかにかかり、遊べなくなったレオは一人で広大な敷地で遊んでいるうちに足を怪我する。だがレオを見つけたテッドが手当をしてくれた。そしてこれをきっかけにレオはマリアン宛の手紙を託される。こうしてテッドとマリアンの秘密の手紙の配達役となったが、ある日その手紙を盗み読みする。