宇宙…そこは最後のフロンティア。これは宇宙戦艦エンタープライズ号が、新世代のクルーのもとに２４世紀において任務を続行し、未知の世界を探索して新しい生命と文明を求め、人類未到の宇宙に勇敢に航海した物語である。

西暦2371年（宇宙歴48315.6）、惑星連邦のキャスリン・ジェインウェイ艦長率いる最新鋭の宇宙船ヴォイジャー号は、未開の星域で行方を絶ったマキの宇宙船を捜す任務にあたっていたが、未知なる生命体の驚異の力で銀河系のはるか彼方“デルタ宇宙域”に飛ばされてしまう。地球から7万光年離れたそこからは、最大ワープスピードで進んでも70年を要するのだ…。しかしジェインウェイ艦長の見事な統率により、対立するヴォイジャーとマキ両船のクルー達は生きて惑星領域に戻るべく団結、未踏のデルタ宇宙域を調査しながら地球への早期帰還を目指す。

真実はそこにある。説明がつかないと思われる事象を解明しようと挑み続けるFBI捜査官スカリーとモルダーの活躍を描くサイエンス・フィクション。2人は、UFOの目撃や異星人との遭遇、異星人による誘拐の他、あらゆる怪現象に立ち向かっていく。