西暦2018年、UEO（地球連合海洋機構）の主力潜水艦シークエストがついに完成。しかし、艦長に人材を得ることができなかった。UEO幹部であるノイス提督は、シークエストの設計者で現在は孤島に隠棲しているブリッジャー元大佐に艦長就任を依頼する。その頃、海賊船デルタが海を荒し回っていた。デルタの指揮を執るのは元シークエスト艦長でブリッジャーの教え子でもあったスターク。その目的は、シークエストをおびき出して破壊することにあった…

宇宙…そこは最後のフロンティア。これは宇宙戦艦エンタープライズ号が、新世代のクルーのもとに２４世紀において任務を続行し、未知の世界を探索して新しい生命と文明を求め、人類未到の宇宙に勇敢に航海した物語である。

中央情報局（CIA）の秘密作戦遂行のために、「悪魔的天才」科学者モフェットによって10億ドルの費用と20年の歳月をかけ開発された“マッハ1・プラス・アタック・ヘリコプター”「エアーウルフ」。軍関係者や連邦議会議員を招いて行なわれた展示飛行の最中に、招待者の一人に働きを正当に評価されていないと思い込んだ、当のモフェット自身がエアーウルフで招待者たちを攻撃。モフェットはエアーウルフと共にリビアへ逃亡した。開発計画の責任者のCIA特別作戦部長アークエンジェルは、敏腕パイロットで今は山荘で暮らすストリングフェロー・ホークにエアーウルフの奪還を要請。ホークは友人のドミニク・サンティーニと共に、北アフリカに潜入、モフェットと対決し、エアーウルフの奪還に成功する。しかしホークはエアーウルフをアメリカのネバダ砂漠へと隠匿する。ホークはエアーウルフの返還条件として、ベトナム戦争で行方不明となった、兄のセント・ジョンの捜索を要求。アークエンジェルは要求を受け入れる代わりに、エアーウルフのCIAへの作戦協力を要請。かくしてCIAの要請を受け、エアーウルフは世界の空を駆けめぐるのであった。

24世紀初頭。辺境の惑星ベイジョーは、近くでワーム・ホールが発見されたため、銀河の果ての、未踏の地への入り口として戦略的重要拠点となった。30年あまりの間、カーデシア人の侵略を受けた惑星ベイジョーの人々は、壮絶な戦闘の末、彼らを撃退した。しかし、その美しかった国土は焦土と化し、資源は全て搾取され、惑星内の情勢は不安定であった。また、カーデシア人の前線基地だった宇宙ステーション“ディープ・スペース・ナイン（DS9）”は防衛機能などの最新設備が破壊されたまま放置された。地球を中心とする150の文明が同盟を組んだ『惑星連邦』は、惑星ベイジョーの連邦加盟のため地球人ベンジャミン・シスコを司令官に任命し、“DS9”に派遣する。ベイジョー奪還をもくろむカーデシア人に包囲され、宇宙探検家、商人、スパイなどさまざまな航行者が行き交う混沌とした宇宙ステーションを舞台に、シスコ司令官ほかクルーたちの活躍を描く。