第501統合戦闘航空団が本格的に解散し、魔法力を失った芳佳は扶桑皇国で医学校入学を目指して勉学に励んでいた。ロマーニャ解放後の1945年、扶桑皇国のウィッチ服部静夏軍曹が美緒の命を受けて現れて、欧州のヘルウェティア医学校からの招聘状を渡し、芳佳が留学するときには欧州まで護衛として自分が付き添うよう指示されていることを話す。最先端の医学が学べると意欲を燃やす芳佳は留学を決意し軍医少尉相当として現役復帰し、静夏と共に欧州へ向かう。一方、ガリアが解放されヴェネツィアのレガタ・ストリカの再開が予定されるなど、小康状態にある欧州だが、国境警備で確認されない不審なネウロイが現れていた。

キノ（声：前田愛）は生まれた国を飛び出して、師匠（翠準子）とエルメス（相ヶ瀬龍史）と一緒に、森の中の小屋に住んでいた。家事の手伝いをしながら、師匠にパースエイダーの訓練を受け、エルメスの運転の練習などをしながら、キノは平和に暮らしていた。そんなある日、川に水を汲みに行ったキノは、生まれた国で出会った青年（自分をかばって命を落とした青年）と同じコートを着た旅人を見かけ、話を聞く。そして、キノはある決心をする。