ことの始まりは中国・軽慶市から発信された、「発光する赤児」が生まれたというニュース。以後各地で「超常」が発見され、原因も判然としないまま時は流れる――。世界総人口の八割が何らかの特異体質である超人社会となった現在。生まれ持った超常的な力“個性”を悪用する犯罪者・敵が増加の一途をたどる中、同じく“個性”を持つ者たちが" ヒーロー"として敵や災害に立ち向かい、人々を救ける社会が確立されていた。かつて誰もが空想し憧れた“ヒーロー”。それが現実となった世界で、ひとりの少年・緑谷出久（みどりやいずく／通称 デク）もヒーローになることを目標に、名立たるヒーローを多く輩出する雄英高校への入学を目指していた。しかし、デクは総人口の二割にあたる、何の特異体質も持たない“無個性”な落ちこぼれだった…。ある日、デクは自身が憧れてやまないあるヒーローと出会い、それを機に運命を大きく変えていくことになる。友、師匠、ライバル、そして敵…。さまざまな人物、多くの試練と向き合いながら、デクは最高のヒーローになるべく成長していく。新世代の熱きヒーローストーリーが、始まる！

繁栄を築き上げた人類は、突如出現した巨人により滅亡の淵に立たされた。生き残った人類は巨大な三重の城壁の内側に生活圏を確保することで辛うじてその命脈を保っていた。城壁による平和を得てから約100年後。いつしか人類は巨人の脅威を忘れかけていた。