まもなく我が子が誕生するマンモスのマニーは、パパになる準備に夢中。一方、サーベルタイガーのディエゴは平和ボケしてしまった自分を見つめ直すため、一人旅を決意。そんな彼らに取り残され、寂しさを感じていたナマケモノのシドはある時、氷に開いた穴に落ちてしまう。すると、そこで３つの卵を発見。家族が欲しいシドは、それらを持ち帰り育てることにするが、生まれてきたのは、なんとティラノサウルスの子どもだった。

ナマケモノのシド、マンモスのマニー、サーベルタイガーのディエゴら数々の冒険をともにしてきた親友たちは、多くの種族が集まった群れの中で平和に暮らしていた。だがあるとき、大規模な地殻変動で大陸がバラバラになり、シドたちは小さな氷山で漂流するはめになってしまった。愛する家族と少しでも早く再会したいマニーは、なんとか合流地点へ向かおうとするが、そんな彼らの前に氷山の船に乗った海賊が現われる。

ミネソタ州の小さな町にある本屋で、飼い主リンダと仲良く暮らすインコのブルー。読書家で人間顔負けの博識ぶりを誇る彼だが、屋内で育ったために飛び方を知らずにいた。そんな中、リンダのもとをブラジルの鳥類学者チュリオが訪問し、ブルーが絶滅危惧種のアオコンゴウインコだと告げる。絶滅回避のためにリオデジャネイロの研究施設へ来てほしいという頼みを受け、ブラジルへと向かうリンダとブルー。施設で出会った同じ種のジュエルに心ときめくブルーだが、施設に侵入した何者かによってジュエルと共に密売団へと引き渡される。

ジャングルに住むゾウのホートンの耳に、風で飛んできたホコリから、助けを求める小さな声が聞こえてきた。ジャングルの仲間達からバカにされながらも、ホコリに何度も話しかけるホートン。あきらめかけたその時、小さな声で返事が返ってきたのだ！　それは、ホコリみたいに小さな“ダレダーレの国”の市長の声だった。陽気で明るく平和を愛するダレダーレ達が楽しく暮らすその国は、どうやら突風に飛ばされてしまったらしい。外の世界を知らない小さなダレダーレ達は、突然の大地震に国中が大混乱。ホートンは彼らを安全で平和に暮らせる場所へと届ける旅に出ることに。一方ジャングルでは、ホートンを目の敵にする母親カンガルーが、ダレダーレの国を“ただのホコリ”と言い切り、取り上げるために作戦を練っていた——。数々の困難が待ち受ける中、ホートンとダレダーレ達は果たして危機を乗り越えることができるのか——。