サムは地球で必要なエネルギー源を採掘するため、3年間で月にたった一人で滞在する仕事に就く。地球との直接通信は許されず、話し相手は1台の人工知能コンピュータだけの環境だったが、任務終了まで2週間を残すある日、サムは自分と同じ顔をした人間に遭遇する。

星座が誕生する以前の古代ギリシア時代。世界を支配していたのはクロノスが率いるタイタンの神々だった。しかし、クロノスの息子の神であるゼウス、ポセイドン、ハデスらオリンポスの神が台頭した。ゼウスはハデスに「父を倒す為の怪物」を創る様に頼んだ。ハデスは自身の肉体を削り恐ろしい怪物クラーケンを創った。クロノスを打ち倒したゼウスたちはそれぞれの支配地を決めたゼウスは天界と神々の王にポセイドンは海洋の王になった。しかし、ハデスはゼウスに騙されて長兄でありながら暗黒の冥界の王となっていた。やがて神々は人間を創り、彼らからの崇拝と愛を糧に不老不死を保っていた。しかし、傲慢の限りを尽くす神々に対し、ついに人間たちは反旗を翻す。

白血病で余命宣告を受けたテッサ（ダコタ・ファニング）は引きこもる日々を過ごしていたが、17歳になり死期が迫っていることを悟る。残りの人生を精いっぱい生きるべく、彼女は死ぬまでにしてみたい事柄のTO DOリストを作る。作成したリストの内容を実行していく中で、隣に引っ越してきた青年アダム（ジェレミー・アーヴァイン）に恋してしまう。

そびえ立つ壁や毎晩変化する構造を持つ謎の巨大迷路に月に1度、自分の名前以外何も覚えていないランナーが送り込まれてくる。やがて団結し始めた彼らは迷路の仕組みを調査し脱出法を見いだそうとするが、迷路の扉が閉まる夜までに帰還しないと命の保証はない。生き残りを懸け巨大迷路に隠された謎を解き明かそうとするランナーたちの運命はどうなるのか。

多くの犠牲を払いながら巨大迷路を脱出したトーマスたちは、同じように別の迷路を生き延びた若者たちが収容された施設へと運ばれた。つかの間の休息を過ごすトーマスたちだが、やがて彼らはこの施設の恐るべき実態を知り、彼らを迷路に送り込んだ黒幕である組織WCKD（ウィケッド）の存在に気付く。危険を察知したトーマスたちは仲間とともに脱出、だが施設の外には、組織が“第2ステージ”と呼ぶ砂漠の迷宮が広がっていた。

孤高の海賊ジャック・スパロウが最も恐れる存在“海の死神”サラザールが解き放たれた。サラザールはジャックに復讐を果たすため執拗に行方を追っていた。サラザールを阻止できるのは伝説の秘宝＜ポセイドンの槍＞だけ。一方、幽霊船に捕らわれた父ウィルを救うためにヘンリーが探していたのも＜ポセイドンの槍＞だった。そして、その在処を示す日記を持つ美しき天文学者カリーナ。それぞれの思惑が絡み合う中、危険な冒険の旅が始まる。しかし、予想外の運命のいたずらが彼らの行く手に待ち受けていたのだった。

巨大迷宮から脱出するために3年もの歳月を費やしたトーマスと仲間たちだったが、謎は深まるばかり。捕らわれた仲間ミンホを救い出すため、そして自分たちが閉じ込められた理由を突き止めるために、彼らは決死の覚悟で伝説の迷宮に逆侵入することを決意する。そんな彼らの前に、謎の組織「WCKD」が立ちはだかる。

競泳選手の大学生ヘイリー(カヤ・スコデラーリオ)は、巨大ハリケーンの後、父(バリー・ペッパー)と連絡が取れないと聞いてフロリダの実家に戻る。地下で大けがを負い気絶していた父を発見した彼女は、突如何者かによって地下室の奥に引きずり込まれ、右足を負傷してしまう。家の中はどう猛なワニたちに支配されていた。

アメリカ合衆国中西部に位置するラクーンシティ。自然豊かなこの街の郊外に以前は製薬会社アンブレラ社の工場が存在したが、今はその殆どの施設は移転してしまっている。 このアンブレラ社が秘密裏に研究開発を進めていた“何か”が街の住民達に大きな健康被害を与えているとのメッセージを受け取ったクレア。 ラクーンシティの施設で育ったクレアは、その真実を突き止めるべく、R.P.D．(ラクーン市警)で特殊部隊＝S.T.A.R.S.の隊員である兄・クリスのもとを訪ねる。クレアはクリスにこの事実を訴えるも「お前は昔から陰謀論を持ち出すが、デタラメだ」と取り合ってくれない。 しかしその時、街中に大音量のサイレンが鳴り響く。 アンブレラ社から住民に自宅で待機するよう警報が発せられたのだ。 クリスは急ぎ署に出向き、S.T.A.R.S.の隊員である、ジル、ウェスカーと共に、郊外にあるスペンサー邸で消息を絶った同僚を捜索する為、ヘリコプターで出動する－。 一方、クレアはクリスを追いかけR.P.D．に－。 しかし、既に住民達の身体には変化が起き始めていた。 その皮膚は腐乱し、口や目から血液が流れ落ち、死体の様な状態にも関わらず、人肉を欲し彷徨うゾンビと化したのだ。 スペンサー邸ではクリス達の壮絶なサバイバルが繰り広げられ、R.P.D．内でも、クレアそして新人警官のレオンに、ゾンビ達が襲い掛かる。