時は近未来。 アニメ作品「機動戦士ガンダム」のプラスチックモデル ――通称「ガンプラ」が1980年代に一大ブーム面とを巻き起こしてから早幾年。 今、第2次ガンプラブームと呼ぶべき、新たな波が世界を席巻していた。 その人気を牽引しているのが、「ガンプラバトル」の存在である。 仮想空間のCGなどではなく、制作したガンプラそのものを操作して戦うという、 画期的なバトルシステムの登場により、その人気は拡大、 毎年、ガンプラバトル世界大会が開催されるまでに至っている。 本編の主人公、イオリ・セイも、ガンプラを愛し、ガンプラバトル世界大会への出場を夢見る、 若きガンプラビルダー（製作者）である。 模型店の一人息子ということもあり、高いガンプラ制作能力を持つ彼だが、 バトルの操縦には疎く、大会に出場しても初戦敗退を続けていた。 そんな彼が、卓越したガンプラ操縦技術を持つ謎の少年、レイジと出会い、 コンビを組んで世界大会に臨む!

日本の地方都市・冬木市では、七組の魔術師（マスター）と使い魔（サーヴァント）による「聖杯戦争」が繰り返されている。1990年代の初秋、四度目の聖杯戦争が始まる。主人公・衛宮切嗣は、名家アインツベルンの委嘱を受け、セイバーのサーヴァントを召喚し聖杯戦争に身を投じる。彼の目的は聖杯による世界平和の実現であった。 英国からは二人の魔術師ケイネス・アーチボルトとウェイバー・ベルベットがランサーとライダーを、冬木からは遠坂時臣とその弟子・言峰綺礼がアーチャーとアサシンを、間桐雁夜がバーサーカーを、それぞれ召喚して参戦する。最後のサーヴァントであるキャスターは一般人・雨生龍之介によって召喚される。

魔術と科学が共に発展した世界――ルヴァフォース。 魔導大国・アルザーノ帝国の南部に位置する「アルザーノ帝国魔術学院」はこの世界で最先端の魔術を学べる最高峰の学び舎である。 およそ四百年の歴史を有するこの学院は魔術の道を志す全ての者の憧れであり、学院の講師や学生たちも自信がその輩であることに誇りを抱いている。 この由緒正しき学院に突如として赴任してきた非常勤講師、グレン＝レーダス。 「お前らに、本当の魔術ってもんを教えてやるよ」 《ロクでなし》と呼ばれるこのオトコの破天荒な授業が、今はじまる。