舞台はアメリカ合衆国オレゴン州アストリア市、海賊の伝説が残る田舎町グーンドック。主人公、マイキーの家は銀行に借金を抱えており、付近を買収しゴルフ場にしようとしていた銀行に迫られ、明日には立ち退きの書類にサインをしなければならなかった。 マイキー率いるグーニーズの4人は、マイキー宅の屋根裏部屋で偶然、伝説の大海賊「片目のウィリー」の遺した宝の在処を記した地図を発見。地図を元に岬の燈台レストランの地下に行くと、そこには大洞窟が広がっていた。 グーニーズにマイキーの兄・ブランドとその恋人アンディ、その友人ステファニーを加えた7人は、宝を狙うギャング団・フラッテリー一家の追跡を受けながらも、買収を阻止するため、ウィリーの宝を求めて大冒険を繰り広げる。

1935年、上海。あるナイトクラブで殺されかけた考古学者にして冒険家のインディはクラブの歌姫ウィリー、現地の少年ショーティを連れて逃げだす。3人が乗った飛行機は墜落し、インドの山奥に不時着。3人は寂れた村にたどり着くが、そこでその長老から神の使いだと誤解される。村は謎の邪教集団に襲撃され、宝の石を奪われ、子どもたちを奪われたという。子どもたちの救出を依頼されたインディは教団の宮殿へと向かう。

経営するコインランドリーの税金問題、父親の介護に反抗期の娘、優しいだけで頼りにならない夫と、盛りだくさんのトラブルを抱えたエヴリン。そんな中、夫に乗り移った”別の宇宙の夫”から、「全宇宙にカオスをもたらす強大な悪を倒せるのは君だけだ」と世界の命運を託される。まさかと驚くエヴリンだが、悪の手先に襲われマルチバースにジャンプ！カンフーの達人の”別の宇宙のエヴリン”の力を得て、今、闘いが幕を開ける！