主人公の玄野計は、地下鉄ホームで小学生時代の親友、加藤勝を見かける。加藤は線路上に落ちた酔っ払いを助けようとするが玄野と共に進入してきた電車に轢かれて死んだはずであったが、次の瞬間、彼らはマンションの一室にいた。そこには、同様に死んだはずの人々が集められていた。部屋の中央にある謎の大きな黒い球「ガンツ」。彼らは「ガンツ」に理由もわからないまま謎の星人を倒すように指示され、別の場所へと転送される。玄野は戦いを生き延びながら成長し「ガンツ」の世界に触れていく。

戦いに目覚め、生き抜くことを選択する玄野。一方、暴力に支配された世界を嫌悪し、戦いを否定する加藤は死闘の中で命を落としてしまう。身近にある生と死を実感した玄野は、100点めにゅーで加藤を生き返らせるために戦いを続けていく。過去に100点を取り、ガンツを卒業していたメンバーの鮎川たちも復活し、心強い仲間たちとともに得点を積み重ね、順調かに見えた玄野たち。しかし、加藤の不可解な復活と、ガンツメンバーの周囲をかぎまわる謎の男と最強の敵が出現し、ガンツの何かが狂い始める。そして、異変が起き始めたガンツが次のターゲットに選んだのは、星人ではなく玄野のことを想い続ける多恵だった。