ゴジラシリーズ第17作、「平成シリーズ」第2作（実際に平成になって制作されたのは本作が初）。 1984年、ゴジラに襲撃された新宿で、その被災現場からゴジラ細胞（G細胞）を密かに盗み出した者がいた。中東サラジア国のエージェントである。その国では遺伝子工学の権威・白神博士がG細胞の研究を行っていたのだ。だが“バイオ・メジャー”と名乗る集団に研究所は破壊され、博士は一人娘の英理加を失ってしまう。一方、ゴジラ襲来から5年後の現在、幼い子供たちがゴジラ復活を予言するような夢を見続けている事が判明する。三原山内において再び活動を開始したゴジラに備え、政府は核を制御する抗核バクテリアの研究を白神博士に依頼する。しかし博士は、亡き娘の細胞が埋め込まれたバラと、ゴジラ細胞を融合させ、ビオランテを生み出してしまう。時を同じくし、ついにゴジラが覚醒。ゴジラとビオランテの激闘が始まる！

ゴジラシリーズ第22作。「平成シリーズ」第7作にして完結編。スペースゴジラとの戦いから1年後、南太平洋のバース島が、地下の高純度天然ウランの熱水噴射による核爆発で消滅。ゴジラとリトルゴジラも姿を消した。その1ヶ月後、赤く燃え盛る姿で香港に上陸したゴジラは、赤い熱線を吐き香港市街を蹂躙。その赤い姿はいつ核爆発を起こしてもおかしくない状態を示唆していた。一方、東京湾岸では青海トンネルの工事現場でのパイプ溶解、しながわ水族館で魚が突如白骨化するなどの怪事件が発生。やがて東京湾岸近辺に謎の怪物が出現した。その正体はかつてゴジラを葬った際に使用したオキシジェン・デストロイヤーの影響で異常進化を遂げた恐るべき生物デストロイアであった。そんな中、御前崎沖にゴジラと酷似した巨大生物が出現、その正体はバース島の消滅で影響を受けたリトルゴジラであった。一方、四国・伊方原発を襲撃したゴジラは、自衛隊のスーパーＸIIIによるカドミウム弾攻撃により体内の核分裂が抑制され核爆発は免れるが、今度は体内温度上昇によるメルトダウンによる地球崩壊の危機が訪れる。メルトダウンを阻止すべく、羽田空港沖を舞台に、デストロイアを利用した国連Ｇフォースと自衛隊によるゴジラ 撃滅作戦が切って落とされる！