スコットランドのリースで生活しているロブとジーンのもとに、兵役を終えた息子のデイヴィーが帰ってくる。デイヴィーは、妹のリズの紹介で出会ったイヴォンヌと瞬く間に恋仲になる。そんな中、ロブが24年前に交際していた女性の葬儀の連絡があり、彼女には娘がいることが発覚する。

1926年のアメリカでは人間界・魔法界との関係の悪化、さらに闇の魔法使いグリンデンバルドの脅威にさらされていました。そんな中やってきたのが魔法動物学者のニュートです。彼の革のトランクには保護したたくさんの魔法動物が詰め込まれていましたが、そのうちの一匹が逃亡。その過程でノー・マジ（非魔法使い）であるジェイコブのトランクと取り違えてた末に街に放たれてしまいます。一部始終を見かけた元闇払い（闇の魔法使いに対抗する魔法使い）のティナと妹のクイニー、さらにジェイコブも巻き込み魔法動物を探しに行くことに。

1940年、連合軍の兵士40万人が、ドイツ軍によってドーバー海峡に面したフランス北端の港町ダンケルクに追い詰められる。ドイツ軍の猛攻にさらされる中、トミーら若い兵士たちは生き延びようとさまざまな策を講じる。一方のイギリスでは民間船も動員した救出作戦が始動し、民間船の船長ミスター・ドーソンは息子らと一緒にダンケルクへ向かうことを決意。さらにイギリス空軍パイロットのファリアが、数的に不利ながらも出撃する。

アメリカからイギリスに戻ってきたニュートは、アメリカ合衆国魔法議会が捕らえた強大な魔法使いグリンデルバルドが逃げ出したことを知る。恩師のダンブルドアから特命を受け、パリに向かったニュートは、仲間の魔法生物たちとともにグリンデンバルドの行方を追う。