CIAの凄腕エージェントであるFDRとタック。彼らはパートナー、そして親友としてお互いを信頼し合い、最高の成果を上げてきた。しかし、ふとしたことでローレンという同じ女性を好きになってしまったことで、その関係に亀裂が入る。二人は職権を濫用し、重要な任務だと偽って精鋭チームまで結成し、お互いのプライベートの様子を無人偵察機やスパイ衛星で監視・盗聴したり、デート中に麻酔銃で狙撃したりと、ありとあらゆる手を使ってローレンをものにしようと企み、泥沼の争いを開始するのだった。

1999年。科学者・芹沢博士はフィリピンで巨大生物の化石を発見。同じころ、日本の原発では原子炉が暴走し、科学者ジョー・ブロディは妻サンドラを失ってしまう。それから15年後の2014年。研究機関“モナーク”はフィリピンで見つかった何かの生物の繭を監視してきたが、繭からは新怪物“ムートー”が生まれ、ハワイのオハフ島に向かう。“ムートー”がハワイに到着すると別の巨大生物“ゴジラ”も出現して戦いを始める。

ピエール・ブール原作のＳＦ映画の金字塔「猿の惑星」を基に、その起源となる人類文明崩壊への道のりを明らかにしていくＳＦアクション大作。 　アメリカ、サンフランシスコ。製薬会社の研究所でアルツハイマー治療の研究をする神経科学者、ウィル・ロッドマンは、開発中の新薬を投与したチンパンジーの知能が驚異的に発達したことを確認し、その成果を発表する。しかし、そのチンパンジーは突然暴れ出し警備員によって射殺されてしまう。事態を重く見た所長によってプロジェクトは中止を余儀なくされるが、射殺されたチンパンジーは妊娠中だったことから、ウィルは生まれたばかりの赤ん坊を秘かに引き取るとシーザーと名付け、自ら育てることに。そして、次第にウィルとシーザーのあいだに人間の親子のような絆が芽生えていく。その一方で、シーザーは並外れた知性を発揮し始めていく。ところが、すっかり成長したシーザーはある日、ウィルの父を助けようとして隣人とトラブルを起こしてしまう。それが原因でウィルと引き離され、類人猿保護施設の檻の中で屈辱と絶望の日々を送ることになるシーザーだったが…。