近未来の地球。侵略者の激しい攻撃に、人類の軍事力ではもはや太刀打ちできなくなっていた。対侵略者の任務に就いたウィリアム・ケイジ少佐は、戦闘によって亡くなる。しかし、タイムループの世界にとらわれ、戦闘と死を繰り返す。そんな中、特殊部隊の軍人リタ・ヴラタスキと出会ったケイジは、彼女と一緒に何度も戦闘と死を繰り返しながら戦闘技術を向上させる。

偉業を成し遂げる宿命を持つ星座に生まれながら、現実には毎日ひたすら働いていたジュピター。ある日、何者かに襲われた彼女は、突然現れた強靭な戦士に助けられる。そして、自分が宇宙最大の王朝の王族だと知らされる。戦士はケインと名乗り、遠い星の遺伝子操作によって生まれた、身分は最下級だが戦うためだけに特化した究極の戦士だと言う。王朝では三人の継承者が覇権めぐり争っており、亡き母と同じ遺伝子配列を持つジュピターが生まれ変わりとして引き継ぐ地球を狙っていた。10万年前から支配してきた人類を滅ぼそうとしているのだ。身分違いのため決して結ばれない運命のジュピターとケインは、ともに人類の危機に立ち向かう。

生粋のエリート軍人グレン・マクマホン陸軍大将は、アフガニスタンの駐留米軍司令官に任命される。戦争が泥沼化して膠着状態となった戦地に、ただ1人、彼だけが勝利を信じて意気込み盛んに飛び込んでいく。しかし現地では、政治家やジャーナリストの思惑が渦巻いていた。やがてマクマホン大将は錯綜する情報の中、厄介な立場に身を置くことになる。

１９４２年、ソロモン諸島。アメリカ軍は日本軍の駐留するガダルカナル島を、太平洋戦争の重要な拠点と見なしその占拠を図った。ウィット二等兵（ジム・カヴィーゼル）やウェルシュ曹長（ショーン・ペン）をはじめとするアメリカ陸軍Ｃ中隊の面々も作戦に参加、彼らを乗せた上陸用舟艇は美しい南洋の孤島に次々と上陸していく。だが一歩ジャングルの奥に足を踏み入れると、そこは紛うことなき戦場であった……。