イラク。アメリカの古生物学者でもあるメリン神父は、古代遺跡の中から悪魔パズズの偶像を発見。それは、不吉な兆候を予感させた…。一方、ワシントンで仮住まいをしている女優クリスの一家に異変が起き始めた。一人娘のリーガンが恫喝的な声色で卑猥な言動を発し、その表情も変貌していく。科学的検査では何ひとつ解明されないどころか、娘の行状が日増しにひどくなっていくことに苦しむクリスは、カラス神父に救いを求めた。悪魔が少女に取り憑いたとしか思えないカラス神父は、教会に悪魔払いを要請。数少ない経験者であるメリンが到着し、ついに壮絶な悪魔払いが始まるのだが…。

恐るべきあの出来事から４年。悪魔祓いで救われたリーガンはすっかり平穏な生活を取り戻したかに見えた。だがある日、彼女の中にまだ悪魔が棲みついていることが判明する。一方、教会当局から派遣されたラモント神父は、メリン神父の行いの真偽を含め４年前の事件の調査を開始。そしてリーガンに会った彼は、彼女の記憶から、メリンが昔アフリカで少年の悪魔祓いを行なったことを突き止める。