錬金術を使いこなす少年、エドワード・エルリックと、その弟であるアルフォンス・エルリックは、自身らの過去の過ちから失ってしまったものを取り戻す方法を探し、アメストリス国中を旅していた。 アメストリスの首都であるセントラルシティにある中央刑務所、そこにはメルビン・ボイジャーという名の囚人がいた。刑期終了を間近に控えていながら、メルビンは新聞のとある記事を読んだことをきっかけに脱獄する。メルビンの使いこなす未知の錬金術を目撃したエルリック兄弟は、その錬金術の詳細を知るために彼を追いかけ、西の大国・クレタとの国境の街・テーブルシティへと辿りついた。 かつては「ミロス」と呼ばれていたという、巨大な崖「デスキャニオン」に周囲を覆われたその街で、エルリック兄弟はミロスのレジスタンス組織「黒コウモリ」に属する1人の少女と出会った。ジュリア・クライトンというその少女の言葉に導かれ、兄弟はその地でかつて起こった惨劇、ミロスの民の過酷な歴史を知らされるのだった。

走輔たちゴーオンジャーがガイアークとの激闘を制してから、10年。 その間、ヒューマンワールドにはかつてない平和が訪れていた。防衛大臣・野泉進一郎は“鎖国バリア”を発動し、他のブレーンワールドからの侵略を完全に遮断。さらに“Nチップ”と呼ばれる、財布・携帯・身分証を兼ねるチップを国民に無料配布し、エコで便利な社会を作り上げていた。一方、ゴーオンジャーは鎖国バリアにより、炎神たちと離れ離れになり力を失っていた。さらに、大翔が野泉に自爆テロを仕掛けたとして“戦隊 活動禁止法”が可決される。ゴーオンジャーは正義の味方から一転、悪のテロリストとして世間から恐れられる存在になってしまった……！ そんな折、彼らの前に謎の少年・走児が現れる。彼は懐にベアールVの炎神キャストを隠し持っており、そのことで特別警察に追われていた。走児を助け出した走輔たちは、国家を敵に回しての逃走劇を繰り広げる。しかし彼らの前に立ちはだかったのは、なんと、早輝だった。早輝はゴーオンジャーと決別し、政府の広報官として野泉に仕えていたのだ！ 特別警察の手を逃れたゴーオンジャーの面々は、走児がベアールVを拾ったという場所へ急行する。そこは、Nチップ研究所の目の前で……。 果たして早輝はなぜ袂を分かったのか？野泉大臣に隠された秘密とは？　世界を巻き込む大事件を前に、すべてを奪われたゴーオンジャーの運命はいかに!?

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。

イッシュ地方を旅するサトシとピカチュウ、アイリス、デントたちは、「大地の剣」と呼ばれる城を中心に広がる街、アイントオークにやってきた。この街はかつて、「大地の民の王国」として栄えていたが、現在は衰退してしまっていた。サトシたちは、アイントオークの収穫祭の記念バトルに参加し、そこで人やポケモンに不思議なパワーを与えることのできる幻のポケモン・ビクティニと出会い、仲良くなる。王国復活を願う大地の民の末裔、ドレッド・グランギルは、ビクティニのパワーを利用し、「大地の剣」を動かそうと企むが、その影響により、アイントオークはかつてない異変に巻き込まれてしまう。果たして、サトシたちはこの街の危機を救えるのか？ ビクティニの運命は？ レシラムの謎とともに、ポケモン史上最大の冒険と感動が、君に迫る！

ピカチュウ・ミジュマル・キバゴ・ヤナップはお花畑で出会ったニンフィアに誘われ、森の奥にあるという『イーブイハウス』に遊びに行くことに。 そこではイーブイとその進化系である甘えん坊のサンダース、恥ずかしがり屋のブースター、リーダー的存在のシャワーズ、ナルシストなエーフィ、無口で怪しいブラッキー、くつろぐことが好きな癒し系リーフィア、怒ると怖いグレイシアがいた。 他にも、家政夫として雇われた、ニャースとソーナンスが働いていた。にぎやかなお泊り会が始まろうとしていた。

イッシュ地方を旅するサトシとピカチュウ、そして旅の仲間アイリスとデントたち。一行は、“大地の剣”と呼ばれる城を中心に、かつて大地の民の王国として栄えたアイントオークの町にやって来た。そこでサトシたちは、人やポケモンにパワーを与える不思議な力を持った幻のポケモン、ビクティニと出会う。一方、大地の民の末裔ドレッドは、ビクティニのパワーを使って王国を復活させようとするが、その影響で町に異変が起こり……。

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。

100年前、砂漠の街「デセルシティ」は、強大な力を持つポケモンによって壊滅的な被害を受けていた。そこへ現れた旅人が、不思議な力を持つツボでそのポケモンを封印したことで、デセルシティの人々は平穏な時間を取り戻していた。 そして時は流れ現在、旅を続けるサトシ達一行は、不思議なリングを使って色々なものを取り出したりする力を持つ謎のポケモン「フーパ」と、フーパの世話をしている少女・メアリと出会う。無邪気でいたずらとドーナツが好きなフーパは、サトシとピカチュウを「サートン」「ピーカン」と呼び、サトシ達とすぐに仲良しになる。デセルシティに着いたサトシ達は、メアリの兄・バルザと出会うが、フーパはどこか怪しい雰囲気のバルザと、彼の持っていた「いましめのツボ」にひどく怯える。バルザはフーパの姿を確認すると突然、ツボの蓋を開け、ツボの中から噴き出した「影」に包まれたフーパは苦しみ出し、邪悪な気配をまとった巨大なポケモンへと姿を変えた。

日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。

ヒカリのポケモンコンテスト挑戦のため、断崖の町・アラモスタウンを訪れたサトシたち。しかし町では、100年前の天才建築家・ゴーディにより設計された庭園が何者かに荒らされる事件が起きるなど、町全体で異変が続いていた。 犯人として疑われるポケモン・"ダークライ"。その頃、町の象徴である「時空の塔」で町の異変を調査していたトニオは、ゴーディの日記に記された予言を読み、「神」と呼ばれしポケモン・"ディアルガ"と"パルキア"にまつわる悪夢が町に近づいていることに気づく。

ある日、新たな敵・ナハネ、オハネフそして謎の巨大怪物体が地球を奪うために宇宙から襲来。その突然の攻撃により父・ホクトが行方不明になり、ハヤトの平穏な日々は一転する。そこに現れたのは、時空を超えてやってきた“9歳のホクト”。少年のホクトは、地球を守るため、そして元の世界に戻るため、超進化研究所が密かに開発を進めていた「シンカリオン ＡＬＦＡ-Ｘ」の運転士になることを決心する。さらに二人の想いを後押しする、北海道支部・山形支部・大宮支部・名古屋支部・京都支部・門司支部の＜チームシンカリオン＞が集結！宇宙最強の敵を倒し、ハヤトは父・ホクトと再会することができるのか!?

マサラタウンで暮らす少年サトシは、ポケモントレーナーの資格を得る10歳の誕生日を楽しみにしていたが、当日の朝に大寝坊をしてしまう。慌ててオーキド研究所へポケモンをもらいに行ったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしないピカチュウだけだった。サトシとピカチュウはぶつかりあいながらも友情を深めていき、旅立つ日に偶然にも上空を飛んでいた伝説のポケモンと言われるホウオウを見て、いつか一緒に会いに行こうと約束する。旅の途中で出会ったトレーナーからホウオウにまつわる言い伝えを聞かされたサトシたちは、いつの間にかサトシの影に潜んでいた謎のポケモン、マーシャドーに導かれるようにして、ホウオウが住むテンセイ山を目指す。

白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「Ｉ・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「Ｉ・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵（ヴィラン）にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。

人里離れた山奥の古い屋敷に住むねずみの一族。長老は、仲間想いだけどそそっかしいジョージと、行動力はあるけどいばりんぼうのジェラルドの、どちらを後継者にするべきか悩んでいた。ある日、長老はふたりに後継者選びの試練を与える。それが、ジョージとジェラルドの冒険の旅の始まりだった。

ガイアーク三大臣の企みによって次元に裂け目ができ、ヒューマンワールドとサムライワールドがつながってしまう。そして“炎衆”と名乗る３人組に奪われた炎神キャストを取り戻すため、サムライワールドへと飛び込んだゴーオンジャーたち。そこは江戸時代に似てはいるものの、“魔姫”という謎の女が住人たちの心を奪い支配する暗黒の世界だった。

折神が舞い、炎神が駆け、ヒーローたちがここに集結する! 蛮機族ガイアークの害統領バッチードと炎神戦隊ゴーオンジャーの戦いは、今もガンマンワールドで続いていた。バッチードは外道衆と手を組み、この恐ろしき野望を知ったシンケンジャーたちは、ゴーオンジャーたちと共に戦うことを決意するが、シンケンレッド以外の他のシンケンジャーたちも別ワールドへと飛ばされてしまう。

ガイアークの三大臣と、臨獣殿の生き残り・メカの悪巧みによって、臨獣拳アクガタを使う蛮機獣・ヌンチャクバンキが暗躍する中、ゲキレンジャーは噂のゴーオンジャーに遭遇。今や共通の敵となったガイアークに立ち向かうのだが、敵の策略によってジャンが持つ慟哭丸が盗まれてしまう。ガイアークはそれを使ってある作戦を実行しようとしていたのだ。しかも、ゴーオンジャーの炎神ソウルまで奪われてしまった！意気消沈する一同だったが、走輔の提案でゴーオンジャーは獣拳修行にチャレンジする。果たしてその成果やいかに？

「週刊少年ジャンプ」連載の同名コミックを原作とする人気アニメ「僕のヒーローアカデミア」の劇場版第3弾。原作者の堀越耕平が総監修を務め、全世界を舞台にした壮大なオリジナルストーリーで描く。世代を経るごとに混ざり合う“個性”が人類を終焉に導くとする思想「個性終末論」を掲げる謎の集団「ヒューマライズ」。世界中の個性保持者の殲滅をもくろむ彼らは、個性を強制的に暴走させ崩壊へと導く「個性因子誘発爆弾」を世界各地に仕掛ける。全世界のプロヒーローと彼らのもとでインターン中だった雄英高校ヒーロー科が招集され、各地で爆弾の回収任務にあたることに。エンデヴァー事務所でインターン中だった出久・爆豪・轟の3人も、日本から遠く離れた国オセオンへ向かうが、任務中に事件に巻き込まれた出久が指名手配されてしまう。タイムリミットが迫る中、世界を救うべく奔走する出久たちだったが……。