ゴジラシリーズ第22作。「平成シリーズ」第7作にして完結編。スペースゴジラとの戦いから1年後、南太平洋のバース島が、地下の高純度天然ウランの熱水噴射による核爆発で消滅。ゴジラとリトルゴジラも姿を消した。その1ヶ月後、赤く燃え盛る姿で香港に上陸したゴジラは、赤い熱線を吐き香港市街を蹂躙。その赤い姿はいつ核爆発を起こしてもおかしくない状態を示唆していた。一方、東京湾岸では青海トンネルの工事現場でのパイプ溶解、しながわ水族館で魚が突如白骨化するなどの怪事件が発生。やがて東京湾岸近辺に謎の怪物が出現した。その正体はかつてゴジラを葬った際に使用したオキシジェン・デストロイヤーの影響で異常進化を遂げた恐るべき生物デストロイアであった。そんな中、御前崎沖にゴジラと酷似した巨大生物が出現、その正体はバース島の消滅で影響を受けたリトルゴジラであった。一方、四国・伊方原発を襲撃したゴジラは、自衛隊のスーパーＸIIIによるカドミウム弾攻撃により体内の核分裂が抑制され核爆発は免れるが、今度は体内温度上昇によるメルトダウンによる地球崩壊の危機が訪れる。メルトダウンを阻止すべく、羽田空港沖を舞台に、デストロイアを利用した国連Ｇフォースと自衛隊によるゴジラ 撃滅作戦が切って落とされる！

祖母と一緒に暮らすために、東京から雪深い地方のキリスト教系の小学校へ転校することになった少年ユラ。日々の礼拝に戸惑うユラの前に現れたのは、小さな小さなイエス様だった。他の人には見えないけれど、願い事を必ず叶えてくれるイエス様を信じ始めたころ、ユラに大きな試練が降りかかる…。

ある裁判に判決を下すべく集められた、男女計12人からなる陪審員。判決は全員一致で決めるのが原則で、一同はいったん、被告を無罪にするとまとまりかけるが、サラリーマンである陪審員2号は被告に同情するという理由だけで無罪にすることに異論を唱え、議論を続けるべきだと主張。他の陪審員たちは深く考えることなく無罪に票を投じようとしていたが、陪審員2号が異議を唱えたのを機に12人は被告の殺意を問う議論を始める。

あなたを抜いて、一人で生きる。乳児の歯の生え始めとは違い、親がこの歯（刃、破）の生え始めを知ることはない。親知らずを抜いた明日美は、見えていなかった世界の存在に気付いていく。絶対的な親に向き合い、明日美が出した答えとは。