傭兵のロイスは突如閃光に包まれ、気がつくとどこかの上空を落下していた。なんとかパラシュートを開き、着陸するがそこは得体の知れないジャングル。その後、すぐに同じように落下してきたエドウィン；クッチーロ；イサベル；ニコライ；ハンゾー；スタンズ；モンバサと合流し、医師と名乗ったエドウィン以外は、軍人や殺し屋など「殺人」のプロフェッショナルであるという共通点を持っていることが判明する。 8名はジャングルを脱出するため行動を共にし、やがて開けた場所に到着するが、空を見ると幾つかの大きな衛星が浮かんでおり、そこが地球でないことを理解する。さらに謎の狩猟動物の襲撃に遭い、自らが“狩りの獲物”であることに気づく。そしてロイス達は多数の生物が殺され展示されている場所に到達する。そこは謎の狩人の「狩猟キャンプ」であった。そこで奇怪なオブジェクトにくくりつけられたプレデターを発見する。イサベルによるとそれは、かつてアメリカの特殊部隊員を襲った生命体の特徴に酷似しているという。 その後、10シーズンもの間この惑星で生き抜いてきたというノーランドと合流、彼の隠れ家で敵の正体や特徴を知り、地球に帰還するために「彼ら」の宇宙船を奪うことを決意する。

最強の暗殺者を生み出すCIAの極秘プログラム、トレッドストーン計画とブラックブライアー計画。その最高傑作として生み出されたジェイソン・ボーンが、失った記憶を追い求めながら、自身の人生を大きく狂わせた同計画を白日のもとにさらそうと、CIAとの戦いに挑んでいた。その裏で、ボーンと匹敵する能力を秘めた暗殺者アーロン・クロスを巻き込むようにして、さらなる戦いと陰謀が動き出していく。そして、CIA上層部ですら認知していない2つの計画を上回るプログラムの存在があった。

内戦状態にある東欧モルドバで反乱軍鎮圧の任務にあたっていたアメリカ軍兵士が、姿の見えない奇妙な敵に襲われて変死した。真相解明のため現地に派遣されたクライン博士は、高性能カメラで敵の姿を捉えてその正体を見極めるべく、CIAの女性職員フランと共に特殊部隊に同行することに。しかし敵は肉眼で見えないだけでなく、超高速で移動する上に触られただけで即死、さらにマシンガンも手榴弾も効かないという恐ろしい存在だった。大量の敵に取り囲まれてしまったクライン博士たちは、決死の脱出を図る。

CIAのヴァレリー・プレイム（ナオミ・ワッツ）と元ニジェール大使で夫のジョー・ウィルソン（ショーン・ペン）は、イラクに核開発計画がないことを政府に報告する。しかし2003年、ブッシュ政権がイラクに宣戦布告。ジョーがニューヨークタイムズ紙にイラクにおける調査報告を寄稿したことから、報復としてヴァレリーが諜報員であることがアメリカ中に公表されてしまい……。