空腹に耐えかねて目を覚ました天涯孤独のアライグマ“ＲＪ”。彼は、熊のヴィンセントが冬眠中に蓄えた食糧を盗もうとして失敗し、１週間以内に食べ物を元どおりにしなければヴィンセントに食べられてしまうということに。ところが、食料を探して山の麓の森へと向かったＲＪはびっくり。そこは人間たちによって住宅地に様変わりしていた。そこでＲＪは、人間の家にはおいしい食べものがいっぱいある、と森の仲間たちを誘惑する。

夢の中で世界滅亡を意味するかのような光景を目にしたノア。それが神からのお告げであり、全世界を飲み込むほどの大洪水がやって来ると悟った彼は、その日から家族と共に一心不乱になって巨大な箱舟を造る。さらに、生命を絶やさぬようにと、この世の全ての種類の動物を次々と箱舟に乗せていく。だが、ノア一家の前に不安に駆られて箱舟を奪おうとする者たちが立ちはだかる。

ジャングルに住むゾウのホートンの耳に、風で飛んできたホコリから、助けを求める小さな声が聞こえてきた。ジャングルの仲間達からバカにされながらも、ホコリに何度も話しかけるホートン。あきらめかけたその時、小さな声で返事が返ってきたのだ！　それは、ホコリみたいに小さな“ダレダーレの国”の市長の声だった。陽気で明るく平和を愛するダレダーレ達が楽しく暮らすその国は、どうやら突風に飛ばされてしまったらしい。外の世界を知らない小さなダレダーレ達は、突然の大地震に国中が大混乱。ホートンは彼らを安全で平和に暮らせる場所へと届ける旅に出ることに。一方ジャングルでは、ホートンを目の敵にする母親カンガルーが、ダレダーレの国を“ただのホコリ”と言い切り、取り上げるために作戦を練っていた——。数々の困難が待ち受ける中、ホートンとダレダーレ達は果たして危機を乗り越えることができるのか——。