19世紀のベルギーのフランダース地方。アントワープにある大聖堂を一人の修道女が訪れる。彼女は、聖堂に飾られている大画家ルーベンスの｢聖母被昇天｣を仰ぎ見るうち、その記憶は20年前へとさかのぼる。おじいさんと牛乳運びで生計を立てる少年ネロと愛犬パトラッシュは貧しいながらも幸せに暮らしていた。ネロの夢はルーベンスのような画家になること。そんなネロのささやかだが幸せな日々は長くは続かなかった。

ムサシたちがボスを迎えに行く間、森の中に作られたロケット団のひみつ基地で留守番することになったニャース。ボスにいいところを見せたいニャースは、音楽が鳴りだせばポケモンたちが勝手に踊りだしてしまう新発明アイテム“モンスターダンシングボール”を披露するため、ささやきポケモンのゴニョゴニョを捕まえてくる。一方、偶然基地を見つけたピカチュウたちは、捕らわれたゴニョゴニョを助けようとするのだが……。

子供たちとそのパートナーであるデジモンが悪の存在と戦う「デジモン」の新シリーズ映画第1弾。夏休みに両親に代わって沖縄へ墓参りに出かけたタカトは、凶悪なデジモンに襲われていた少女・ミナミを助ける。デジタルペットソフト“Vペット”の開発者の娘である彼女は、一台のノートパソコンをとりだした。そのなかにプログラムされていたのは、人類の滅亡を企むメフィスモンのウイルスを破壊するワクチンだった。メフィスモンを倒すため、タカトたちは仲間と協力して悪のデジモンと戦いを繰り広げる。

幕末。ペリー率いるアメリカ艦隊の来航によって、200年余り続いた日本の鎖国は終わりを迎えた。そこに、プチャーチン率いるロシア軍艦「ディアナ号」が来航し、アメリカに続き日本との国交樹立を要求してきた。対応に苦慮した江戸幕府は、外国通の川路聖謨を全権代表に任じ、プチャーチンとの交渉に当たらせた。両者は伊豆・下田において会談したが、互いに譲歩することはなく議論は平行線を辿った。 日露交渉が始まって数日後、伊豆をマグニチュード8,4の大地震「安政東海地震」が襲った。プチャーチンらロシア人は危険を顧みず、津波に流される日本人たちの救助を行ったが、その代償として「ディアナ号」は航行に支障が出る程の被害を受けてしまった。安全な場所での修理を求めるプチャーチンに対し、川路は戸田村での修理を許可した。しかし、「ディアナ号」は嵐に遭遇し座礁してしまう。この時、宮嶋村の村民たちは、ロシア人との接触を禁じた幕府の命令に背き、沈没する「ディアナ号」から多くのロシア人を救出した。 川路は沈没した「ディアナ号」に代わり、新たに洋式帆船を建造することに決め、戸田村の大工・緒明嘉吉に建造を依頼する。嘉吉たちはロシア人たちと共に帆船造りをすることになり、日本人とロシア人との交流が始まった。初めはぎこちなかった両者も次第に心を通わせ、菊三郎ら子供たちもロシア人たちとの交流を楽しむようになっていた。 やがて、日本が初めて手掛けた本格的洋式帆船が完成し、戸田村の人々とロシア人たちの別れの時が来た。プチャーチンは、自分たちのために尽くしてくれた戸田村の人々に感謝と敬意を込めて、船の名前を「ヘダ号」と命名した。

どこにでもいるごく普通の元気な小学生タカト。ある日、偶然に青いカードを手に入れたことからタカトが思い描いた通りのデジモン、ギルモンが誕生する。以来、最強のデジモンテイマーを目指した2人の二人三脚の冒険が始まった。そんなある日、正体不明の機関車のようなデジモン、ロコモンが東京・山手線に突如出現し、信号機をなぎ倒し暴走を続ける。大都市東京はかつてない大パニックに陥る。一体ロコモンとは何者なのか？そしてその目的は？すべてが謎に包まれたまま、タカト、ジェン、ルキはこの暴走特急に敢然と立ち向かうのだったが……。