アイアンマンことトニー・スタークが完成させた人工知能“ウルトロン”の暴走に端を発する、ヒーローたちによる愛する者たちを救うための戦いをダイナミックに描く。人類の危機的状況を何度も打破してきたアイアンマンことトニー・スタークは、平和維持システムとしての人工知能“ウルトロン”を誕生させる。人類を脅威から守るために完成させたウルトロンであったが、平和を脅かす唯一の存在は人類だと結論付け、抹消しようとする。監督は、前作でもメガホンを取ったジョス・ウェドン。

1982年、南アフリカ共和国のヨハネスブルク上空に突如宇宙船が出現した。しかし、上空で静止した巨大な宇宙船からは応答や乗員が降りる様子はなく、人類は宇宙船に乗船しての調査を行うことを決定。知的生命体との接触に世界中の期待が集まる中行われた調査であったが、船内に侵入した調査隊が発見したのは、支配層の死亡と宇宙船の故障により難民となった大量のエイリアンであった。 乗船していたエイリアンたちは地上に移り、隔離地区である「第9地区」で難民として、MNU (英：Multi-National United) と呼ばれる超国家機関による管理・監視のもとで生活することになったが、文化や外見の違いから人間とエイリアン達との間では小競り合いが頻発する。人間達のエイリアンへの反発や差別は強まり、やがて彼等に対しては「エビ」（外見がエビ[=PRAWN]に似ているため）という蔑称が定着するようになった。 そして宇宙船出現から28年後、ついにエビ達を新たに用意された彼ら専用の居住区域である第10地区に移住させることが決定し、MNUの職員であるヴィカスは、立ち退き要請の同意を得るため第9地区を訪れるが、エイリアンの家で見つけた謎の液体を不注意により浴びてしまう。