今やすっかり“ロンドンっ子”となり、ブラウン一家の人々と幸せに暮らしているパディントン。育ての親のルーシーおばさんの100歳の誕生日プレゼントを探していたパディントンは、アンティークショップでステキな飛び出す絵本を見つける。世界にひとつの絵本を買うお金を貯めるために、働き始めるパディントン。ところがある日、絵本が盗まれ、現場に居合わせたパディントンが、容疑者として逮捕されてしまう。それは、絵本に隠された秘密を知る、落ち目の俳優ブキャナンの仕業だった。有罪になったパディントンは、刑務所一恐ろしい囚人ナックルズと、まさかの友情を結ぶ。