銀河系で繰り広げられる近未来の戦争を担うのは、冷酷で従順な戦士となるべく訓練されたソルジャー。しかし時代は変わり、遺伝子操作が生んだ新型戦闘員によって、トッドのようなベテランはもはや時代遅れに。だがトッドがおとなしく処分されると思ったら大間違いだ。火花散るアクションを支えるのが、息を呑む映像世界。動き回る超巨大戦車。地球を追われ、廃棄物に埋もれた惑星で暮らす人々。人間の手に負えないほど発達したテクノロジー。ただのディストピアではない。ここは紛れもない戦場だ。

1992年、南米コロンビア。麻薬組織のマフィアたちに目の前で両親を惨殺された9歳の少女カトレヤは、その場を逃れてシカゴでギャングとして生きるエミリオ（クリフ・カーティス）に身を寄せる。彼のもとで殺しのスキルを習得していったカトレヤ（ゾーイ・サルダナ）は、美しいプロの殺し屋として成長する。その技術を駆使して両親を殺した者たちに復讐（ふくしゅう）を果たそうと、彼らの所在を探りながら、殺しを重ねていくカトレヤ。だが、FBIやCIAをはじめとする捜査機関が、そんな彼女をマークし、行方を追い始める。

さえない中年男フランク（レイン・ウィルソン）。彼の妻（リヴ・タイラー）がセクシーなドラッグディーラー（ケヴィン・ベーコン）の後を追って家を出てしまう。愛する妻を取り戻すため、彼はお手製のコスチュームに身を包みスーパーヒーロー“クリムゾンボルト（赤い稲妻）”に変身。イカれた女の子ボルティー（エレン・ペイジ）を相棒に、危険地帯の犯罪に立ち向かうフランクだったが……。

幼くして両親を亡くし、伯父夫婦のもとで大切に育てられたピーター。高校3年生となった彼は、6歳の頃からずっと思いつづけている隣家のメリー・ジェーンに未だに打ち明けることができないちょっと冴えない高校生。ある日ピーターは親友のハリーから彼の父親ノーマン・オズボーンを紹介される。ノーマンは巨大軍需企業オズコープ社の経営者にして天才科学者。ノーマンはピーターの科学の才能を高く評価、彼に目を掛けるようになる。そんなピーターは、大学の研究所を見学した際、遺伝子組み換えでスーパースパイダーとなったクモに刺されてしまう。その瞬間、ピーターの身体に異変が起こり始める。

ニューヨークとニュージャージー州を結ぶ海底トンネルで、ある日の夕刻、危険な産業廃棄物を満載したトラックに暴走車が激突し、トンネル内は一瞬にして炎に包まれる。大勢の死傷者が出る中、現場に居合わせたタクシードライバーで元EMS隊長だったラトゥーラは、閉じ込められた人々を救出すべく、現場のEMS隊の隊長と話をつけようとするが、かつてEMS隊に所属していた時期に死者を出した経緯もあるラトゥーラは相手にされない。しかし、諦めきれないラトゥーラは副隊長のフランクと相談し、その海底トンネルの換気口からの進入をこころみる。

徹底した科学トレーニングで作り上げられたソ連最強のボクサー、ドラゴが訪米。そのトレーナーである妻ルドミラは挑発的な発言を繰り返し、刺激を受けた元チャンピオンのアポロはロッキーをセコンドにエキシビションマッチに臨む。だが、恐るべき破壊力を持ったドラゴのパンチを受け、アポロはリング上で絶命してしまう。親友の死を目の当たりにしたロッキーは仇討ちを誓い、タイトルを返上して敵地モスクワへと乗り込む。