1865年京都。新選組は新たに隊士を募集し多くの志願者が集まる中、一際異彩を放つ美少年がいた。加納惣三郎と名乗るその青年は剣豪・沖田総司をも手こずらせる程の剣の腕の持ち主だった。そして、もう一人、加納と双璧をなす程の剣の腕の持ち主・田代彪蔵の二人が入隊を許可された。しかし、この二人の入隊によって新選組内部の空気は少しずつ変わっていくことになる。田代は衆道（男色）の気を持つ男であり、惣三郎を衆道に引きずり込もうとしていた。そんな中、惣三郎に密かに想いを寄せていた隊士・湯沢藤次郎が何者かによって惨殺される。土方は湯沢の恋敵であった人間が斬ったのではないかと疑い始める。

徳川5代将軍・綱吉の泰平の御代、赤穂浪士たちが吉良上野介を仇討ちするかどうかに関心が集まっていた元禄15年。父親の仇討ちのため、郷里を後にした若侍、青木宗左衛門の江戸暮らしも半年を過ぎ、庶民の町での生活もすっかり板についていた。いつしか自宅の向かいに住む夫を亡くした女性、おさえに恋心を抱くようになった彼だが、実は武士とは名ばかり。剣の腕前がからっきしだめなことが長屋の面々にも知れ渡ってしまう。

大阪南部を縄張りにしたヤクザ組織・井出組の傘下の秋葉組組長・秋葉吟二が、何者かによって殺された。三ヶ月前、リゾートホテル建設という大事業に手を出していた秋葉は、取引先の信用金庫のトラブルから融資を打ち切られ、苦しい状況にあった。しかし、信用金庫の理事長が50億もの隠し財産があるという情報を秘かに掴んだ彼は、それをネタに一発逆転を狙っていた。彼が殺されたのは、そんな矢先の出来事だった。秋葉を殺した犯人・玉城が捕まり、彼が秋葉殺しを指示したのが井出組長だと自供した為に井出が逮捕された。