あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。

ゴジラシリーズ第25作。「ミレニアムシリーズ」第3作。平成ガメラシリーズの金子修介を監督に迎え、ゴジラを「太平洋戦争で亡くなった人々の怨念の集合体」という新解釈で描く。日本へ上陸したゴジラを防衛軍が撃退して半世紀が経とうとした頃、一隻の原子力潜水艦がグアム島沖で巨大な生物と遭遇し消息を絶つ。防衛軍はこれをゴジラであると推察、その出現を警戒する。その頃、日本各地で次々と怪事件が勃発、調査に向かった報道陣は謎の老人に遭遇し、“護国三聖獣”の存在を知らされる。ついにゴジラが日本に上陸。それに呼応するかのように聖獣たちも目を覚ますのであった。

二ツ目の落語家、志ん魚は二十三歳の誕生日、志ん米はじめ、仲間の援助で初めてソープランドに行った。志ん魚についたエリザベスは初々しい彼に興味を抱き、二人はその日からデートを重ねた。数日後、そんな志ん魚に、女子高の落研に所属する女の子たちがコーチを依頼に来る。志ん魚はその中の一人、由美に心を寄せる。純な志ん魚は由美のことをエリザベスに告白するがバレなければいいと気にしない。志ん魚は割りきれないまま、エリザベス、由美とデートを続ける。

2002年3月。地方テレビ局のEBEテレビで、視聴者参加型懸賞金付き推理ドラマ「覆面探偵」シリーズの第七弾「覆面探偵の密室」の放送が始まる。しかし、すぐに臨時ニュースで放送が中断され、「近隣の山にUFOが着陸したため警察が出動した」というニュースが流れる。 警察の女刑事でオタク嫌いで有名な与謝野陽乃は、相棒で陽乃に惚れている谷崎大地と共に、UFOが現れたという山へと急行する。警察が調査したところ、UFO騒ぎは大学生が映画の撮影をしていただけと判明するが、その現場の近くのマンションで殺人事件が発生する。 そのマンションで殺されたのは、「覆面探偵」シリーズの原作者の一人である推理作家の太宰星河であった。太宰は自室で撲殺されていたが、内側から目張りされた密室の中で殺されていた。密室を作った方法は、署内の三人の推理オタク刑事（江戸川、横溝、松本）によりすぐさま解明され、またこの目張り密室は「覆面探偵の密室」の放送内容を模したものであると判明する。 しかし、なぜ犯人がこのような面倒なことをしたのかが判明しない。被害者の関係者にはそれぞれ太宰を殺す動機があり、さらにアリバイが成立した人間は一人もいなかった。捜査に行き詰まった与謝野は、妹の空実がコミケで買ってきたという「困ったときに助けてくれる笛」を吹いてしまう。(出題編)

秋葉京介は、元警視庁捜査一課に所属していた私立探偵。ある日京介は、何者かに追われている様子の美しい女性を助け、「お困りのことがあればいつでも」と「私立探偵・秋葉京介」の名刺を手渡した。