武士というものがまだ存在していた江戸の世──。百人斬りと呼ばれた【不死身】の男がいた。その男の名は「万次」。万次は、父母を殺され復讐を誓う少女「凜」と出会う。凜は万次に、復讐の旅の用心棒になってくれないかと言う。初めは断る万次だが、凜に亡くした妹の面影を見た。一人では危うい凜の姿に、仕方なく手を貸すことに決める。しかし凜の仇は、剣の道を極めんとする集団──逸刀流。それは、不死身の万次すら追いつめる凄絶な死闘の始まりを意味していた。

もうすぐ中学二年生になる朝日奈みらいは、春休みのある夜、 空から謎の物体が近くの公園に落ちていくところを発見します。 「もしかして魔法つかいかも！」と期待に胸をふくらませるみらいは、翌朝、ワクワクしながら、 幼い頃からずっとかわいがっている クマのぬいぐるみ「モフルン」と一緒に公園に向かいます。 するとそこで目にしたのは…ほうきにまたがって宙に浮く女の子…！ リコと名乗るその女の子は、なんと魔法つかい！！ みらいは、魔法つかいに興味津々でリコを質問攻めに。 リコは“ある物”を探しにみらいの住む世界にやってきたらしいのです。 さらに、よく見ると二人は同じペンダントをつけていて…。 そんな中、闇の魔法つかい・ドクロクシーの仲間・バッティが二人の前に現れます！ 「リンクルストーン・エメラルド」を渡せとリコに迫りますが、 どうやらリコも、「リンクルストーン・エメラルド」を探しているらしくて…。 バッティの闇の魔法で生まれた怪物ヨクバールに追い詰められたその時… みらいとリコ、そしてモフルンが手をつなぎ、魔法の言葉 『キュアップ・ラパパ！』ととなえると、ペンダントが光輝きます。 そして、伝説の魔法つかい「プリキュア」が誕生するのです…！！！