常に宇宙最強の相手を求めて銀河を旅する武芸者・オメガが地球にやってきた。宇宙刑事シャイダーを倒すために...。オメガは全身が武器のような恐ろしい男で、彼の手にかかって命を落とした宇宙刑事は少なくない。そして、そんなオメガをフーマが見逃す訳はなく、早速手を組むこととなった。パトロール中の大は黒マント姿のオメガに襲われる。オメガは大に一対一の真剣勝負を挑んできた。過去にギャバン、シャリバンに敗れたオメガはシャイダーを倒すことに執念を燃やしているのだ。一方、フーマの行動隊長ヘスラーもオメガより先にシャイダーを倒すべくギャル軍団を率いて作戦行動に出る。宇宙刑事シャイダーは今や、前面にオメガ、背後にフーマ軍団という二つの強敵を相手に戦わなければならない。シャイダーと銀河最強の男・オメガとの一騎打ちの時が迫る。

天才児ばかりを狙った児童誘拐事件が連続して発生。大とアニーは調査を進めるが、なかなか手がかりが掴めない。怪しげな老人に化けた不思議獣ムチムチが子供たちを誘拐していたのだ。フーマは誘拐した子供たちに教育を施して他の惑星へと送り込み、全銀河を支配する計画を遂行していたのだ。シャイダーとアニーは子供たちを救えるのか？

「宇宙刑事ギャバンTHE MOVIE」から2年―。待望の“平成宇宙刑事シリーズ”最新作、2代目シャイダーが主人公のVシネマが誕生！　焼結せよ！シャイダー　銀河連邦警察内でも名コンビとして知られる2代目宇宙刑事シャイダー＝烏丸舟と相棒のタミーは、数々の宇宙犯罪を解決してきた。しかし、舟は重要指名手配犯の運び屋・不思議獣ピタピタの捜査をなぜか一人で始めてしまう…。怒ったタミーは舟を追いかけるが、それでも舟はタミーを避けてゆく。名コンビに一体何が…？舟の真意は!?